Казалось бы, все уже было готово к походу, но тут случилось непредвиденное. Как вспоминал впоследствии Бонапарт, «когда все приготовления были закончены, произошел инцидент с Бернадотом в Вене, заставивший опасаться возобновления войны на материке. Отплытие армии было отложено на 20 дней, что поставило ее под угрозу. Тайна была раскрыта, и в Лондоне успели узнать о всех приготовлениях…» Нехитрые меры по дезинформации не смогли усыпить британскую разведку, агенты которой ухитрялись работать порой под самым носом у французских властей. Особенно показательна в этом отношении история с похищением из французской тюрьмы опаснейшего преступника – английского офицера Сиднея Смита, происшедшая примерно за месяц до отплытия французской флотилии. Он был освобожден жандармами якобы по приказу Директории. Позже выяснилось, что предъявленный приказ был фальшивым. Месяц спустя после бегства из тюрьмы Смит вместе с Ле Пикаром де Фелиппо, давним врагом Бонапарта, был уже в Англии и оказал существенную помощь ее военным силам.

Только 19 мая 1798 года флот Наполеона отплыл из Тулона. Он состоял из 350 больших и малых судов, которым предстояло с армией, артиллерией и огромными запасами пройти вдоль почти всего Средиземного моря, избежав при этом встреч с британской эскадрой. Все шло хорошо, если не считать того, что при выходе в море огромный, перегруженный флагман «Орион» задел дно. Некоторые увидели в этом плохую примету, но военная машина уже была запущена, и никто уже не мог ее остановить. А три недели спустя, 9 июня, французы были уже у берегов Мальты.

Мальта – неприступный остров-крепость с XVI века принадлежал ордену мальтийских рыцарей (иоаннитов). Обдумывая египетско-индийские проекты, Бонапарт определил его как один из важных пунктов на пути в Египет. Еще в 1797 году он предлагал Директории захватить остров. Поскольку две трети мальтийских рыцарей были французами, туда были направлены французские агенты, которым поручили путем подкупа подорвать орден изнутри. Но задуманное не удалось осуществить. По словам Бурьенна, «Бонапарт очень рассердился на людей, посланных из Европы для того чтобы это дело устроить; однако же один из них, г-н Доломье, раскаялся в принятом им на себя поручении…»

Прибыв к мальтийским берегам, генерал Бонапарт сразу потребовал от властей острова сдачи крепости Лa-Валетты. Главной причиной для захвата он назвал то, что Мальта отдалась под покровительство российского императора Павла – врага Франции, и это якобы «оскорбляло римско-католическую религию и клир».

Великий магистр ордена, португалец Гомпеш, настроенный проавстрийски, оказавшись в затруднительном положении, созвал совет. В его распоряжении находилось всего лишь 332 способных драться рыцаря, 3600 человек в гавани и 13 тысяч добровольцев. Этого было, конечно же, слишком мало для того, чтобы противостоять 38-тысячной Восточной армии Наполеона. Присутствовавшие на совете высказали разные точки зрения. Одни считали, что надо объявить тревогу и, поскольку у них есть неплохой арсенал и запас продовольствия на три года, упорно сопротивляться. Другие напоминали магистру, что их орден призван вести войну с турками, а не с христианами, и предлагали сдаться Наполеону. Этой точки зрения придерживался и командор, овернец Буаредон де Рансюэ, который прямо заявил, что не поднимет оружие против родной Франции. Но его вместе с другими французскими рыцарями арестовали и отправили в тюрьму. А те, кто решил сопротивляться захватчикам, взялись за оружие и распределились по островам, батареям и башням.