Директория, слабая, растерянная и ненавистная большинству, теряла прежние завоевания Республики одно за другим. И Бонапарт, давно принявший решение о возвращении во Францию, понял, что настал самый подходящий для этого момент: «Негодяи! Италия потеряна! Все плоды моих побед потеряны! Мне нужно ехать!» В годину самоуничтожения и растерянности именно он может и должен стать спасителем страны. Впоследствии на острове Святой Елены опальный император говорил о том, что «понял, что при виде его все переменится… ему будет легко стать во главе Республики; он был полон решимости, по прибытии в Париж, придать ей новую форму и удовлетворить общественное мнение нации». По всей видимости, Бонапарт в создавшейся ситуации видел для себя возможность прийти к власти, и под влиянием таких мыслей решение оставить Египет и свою армию была принята Бонапартом бесповоротно. Он хорошо осознавал, что, несмотря на победу, одержанную под Абукиром, планы колонизации Египта провалились, а сам он, не имея флота и подкреплений, остался отрезанным от метрополии. Рано или поздно все поймут, что его армия приближается к катастрофе, которую можно лишь отсрочить, но которой нельзя избежать. Так пусть это случится уже в его отсутствие. По словам В. Бешанова, великий полководец решил действовать, руководствуясь принципом: если невозможно спасти проигранную кампанию, то «спасти самого себя, бежать от унижения, хотя и с риском, было реально».

Конечно, как главнокомандующий он не мог сказать обо всем этом своим солдатам. Для них в оправдание своих действий он приводил самые благовидные причины, главная из которых заключалась в том, что он должен был – ни много ни мало – спасти Францию! Его последний приказ по армии был коротким и сухим: «Солдаты, известия, полученные из Европы, побудили меня уехать во Францию. Я оставляю командующим армией генерала Клебера. Вы скоро получите вести обо мне. Мне горько покидать солдат, которых я люблю, но это отсутствие будет только временным. Начальник, которого я оставляю вам, пользуется доверием правительства и моим». Обещая вернуться к оставляемой им в Египте армии, Бонапарт, конечно же, лукавил. Но посвящать в свои подлинные планы он никого не собирался.

Неправдой было и то, что французское правительство якобы разрешило генералу вернуться на родину. На его письмо с просьбой об этом Директория даже не ответила.

А без приказа свыше он, как офицер, не имел права покидать свой пост, ибо такой поступок мог быть расценен как дезертирство. Однако великий полководец и здесь вышел сухим из воды. Вот что писал он по этому поводу в своих воспоминаниях[3]: «В том, что он имеет полное право покинуть армию, герой не сомневается: “Ему была предоставлена от правительства свобода действий, как в отношении мальтийских дел, так и в отношении египетских и сирийских, равно как и константинопольских и индийских. Он имел право назначать на любые должности и даже избрать себе преемника, а самому вернуться во Францию тогда и так, как он пожелает. Он был снабжен необходимыми полномочиями (с соблюдением всех форм и приложением государственной печати) – для заключения договоров с Портой, Россией, различными индийскими государствами и африканскими владетелями. В дальнейшем его присутствие являлось столь же бесполезным на Востоке, сколь оно было необходимо на Западе: все говорило, что момент, назначенный судьбой, настал!”».

Поскольку с генералом Клебером, назначенным им новым главнокомандующим, отношения у Бонапарта были натянутые, он отказался от личной встречи с преемником, оставив ему запечатанное письмо с инструкциями. По словам А. Иванова, для него «Наполеон продиктовал три записки о положении дел и своих планах, в которых изложил принципы управления Египтом: араб – враг турок и мамелюков; нужно “убедить мусульман в том, что мы любим Коран и уважаем пророка”; Мурад-бея и Ибрагим-бея можно сделать союзниками французов, возведя их в княжеское достоинство, а других беев – произведя в генералы и вернув их владения…». Но Бонапарт сам не верит в возможность такого союза с мусульманами, свидетельством чего может служить такое распоряжение