После рекогносцировки второй линии турецкой армии, найдя ее позиции неприступными, Бонапарт поначалу решил пока остановиться на достигнутом. Но после осмотра берега у него возник план новой дерзкой операции. На небольшом мысу была установлена артиллерийская батарея, которая смогла обстреливать с тыла весь правый фланг противника. Ее огонь вынудил турок отвести назад свой левый фланг. В образовавшийся между ним и морем коридор в 400 метров шириной Мюрат бросил своих 600 всадников. Тем временем Ланюсс и Дэстен открыли сильный огонь по центру и правому флангу второй линии турок. Вскоре они заняли редут, а кавалерия опять прижала остатки неприятеля к морю.

Оставалось расправиться с резервом Мустафы – паши. Для этого Ланн со своей дивизией двинулся на деревню Абукир и атаковал его лагерь. Вот как описывает В. Бешанов подробности этой атаки: «На узкой полоске суши началось столпотворение и резня. Мустафа-паша с телохранителями совершал чудеса храбрости; он был тяжело ранен Мюратом, которого, в свою очередь, ранил в голову из пистолета. Наконец паша сдался в плен с тысячей своих воинов. Остальные бросились в море. Сидней Смит, едва избежав плена, с трудом добрался до своей шлюпки. Три бунчука (знак власти) паши, 100 знамен, 32 полевых орудия, все обозы достались французам. Победа была полной и сокрушительной. После битвы восхищенный Мюрат обнял Бонапарта и признался: “Генерал, вы велики, как мир, но мир слишком мал для вас!”».

Теперь необходимо было освободить от неприятеля Абукирскую цитадель. Там заперлись около 4 тысяч турецких солдат во главе с сыном Мустафы-паши. Все попытки французов выбить их оттуда успеха не имели. Даже когда паша написал сыну письмо с приказом сдаться, тот продолжал держать оборону. Бонапарт не стал дожидаться штурма форта: поручив Ланну вести осаду, он уехал в Александрию. Вскоре осажденные были вынуждены сдаться.

Эта победа под Абукиром стала для Наполеона долгожданным реваншем за разгром французской флотилии. Его потери в Абукирском сражении были минимальными: 200 человек убитыми и 550 ранеными. А вот турки потеряли здесь почти всю свою армию. Когда французы вошли в форт, весь его внутренний двор оказался заваленным трупами и телами умирающих. Впоследствии, вспоминая об Абукирском сражении, Бонапарт писал: «Эта битва – одна из прекраснейших, какие я только видел: от всей высадившейся неприятельской армии не спасся ни один человек». Однако эта столь блистательная победа оказалась для него последней в Египетской кампании. Вести, приходящие из Европы, делали его дальнейшее пребывание в Египте не только не целесообразным, но и гибельным…

Первые вести о событиях в Европе Бонапарт получил во время переговоров с Мустафа-пашой. Тот сообщил о том, что пока Наполеон завоевывал Египет, Австрия, Англия, Россия и Неаполитанское королевство возобновили войну против Франции, в ходе которой французские армии всюду были разбиты. А из английских и немецких газет главнокомандующий узнал о том, что австрийские и российские войска разгромили генерала Журдана на Дунае, Шерера – на реке Адидже, Моро – на Адде и только Массена с трудом удерживался в горах Швейцарии. В самой Франции было неспокойно: разбои, смута, полное расстройство. Характеризуя внутриполитическое положение в стране, А. Манфред писал: «Военные поражения осенью 1799 года сделали лишь явным, как бы озарили зловещим светом проигранных битв и пожарищ то, что осознавалось ранее: глубокий, неизлечимый недуг, полное разложение режима. Откуда шла опасность? Феликс Лепелетье на заседании Клуба якобинцев в термидоре VII года утверждал, что защитников Республики душат две фракции: “С одной стороны, воры, с другой – изменники, предавшие родину европейским королям”. Это определение вряд ли было исчерпывающим и точным. Кризис был глубже. Сама ткань, казалось, начинала расползаться. Государственная власть обнаруживала полную несостоятельность, она оказалась неспособной функционировать».