Действующее налоговое стимулирование инновационной деятельности протекает вне зависимости от факторов, учитывающих особенности реализации инновационного процесса по фазам жизненного цикла продукта, стадиям инновационного процесса, видам налогов, имеющих разный характер в зависимости от объемов производства, этапам развития экономической деятельности хозяйствующего субъекта.

Так, на первоначальном этапе главный акцент целесообразно делать на модернизацию приоритетных отраслей экономики, поэтому основные посылы государства должны быть направлены на поощрение капитальных вложений. Если у хозяйствующего субъекта существует потребность в привлечении заемного капитала, в этом случае необходимо проводить оптимизацию структуры капитала по критерию минимизации уровня финансовых рисков. Степень финансового риска сокращается в связи с уменьшением стоимости капитала за счет привлечения инвестиционного налогового кредита. На следующем этапе приоритетом выступает налоговое стимулирование, непосредственно направленное на снижение себестоимости произведенной инновационной продукции. На этом этапе большое значение имеет амортизационная политика, а также инвестиционный налоговый кредит и прочие инструменты. Следующий шаг заключается в необходимости развития и поддержки интеллектуальной деятельности. Соответственно методы налогового регулирования должны быть направлены на снижение налоговой нагрузки на доходы работников, непосредственно участвующих в инновационном процессе предприятий.

В связи с отсутствием четких критериев деления инновационных предприятий по видам инновационной продукции, по стадиям инновационного цикла производимой продукции (исследование, разработка, внедрение, потребление), возникают вопросы: что именно относить к инновационным технологиям и затратам на них; как подтверждать обоснованность расходов с точки зрения их направленности на осуществление инновационной деятельности, на создание и реализацию «нового», «усовершенствованного», «принципиально нового» или «нового социально-значимого» инновационного продукта? Это усложняет налоговый учет, делает его затратным, поскольку требует наличия в организации квалифицированных юристов и положительной практики судебных разбирательств с налоговыми органами.

При этом меры, стимулирующие полный инновационный цикл (от разработки до внедрения и потребления) и позволяющие компаниям оставлять результаты НИОКР в своей стране, а не передавать их за рубеж, отсутствуют.

Недостаточно разработаны методы и инструменты налогового стимулирования по видам экономической деятельности. Так, для малого бизнеса в части инновационной деятельности целесообразен специальный режим налогообложения. Если речь идет о поощрении широкомасштабных инвестиций, то сочетание льгот необходимо направлять на применение низкой ставки, ускоренных мер амортизации, предоставление специальных стимулов при налогообложении выплат высококвалифицированным сотрудникам и пр.

Большинство действующих льгот введено в отношении налогообложения прибыли, однако налог на прибыль является самым «неуплачиваемым». При этом в налоговой нагрузке организаций, например нефтегазовой отрасли, наибольший удельный вес занимают налог на добычу полезных ископаемых, акцизы, экспортная пошлина, составляющие 46 % доходов консолидированного бюджета10. Отсутствие эффективных методов и инструментов, стимулирующих инновационную деятельность данной отрасли, является одним из основных факторов, сдерживания ее развития.

Машиностроение является базовой отраслью, от уровня развития которой существенным образом зависит эффективность структурных преобразований в экономике страны. Продукция машиностроения – фундамент экономического развития, на котором возможно повышение конкурентоспособности всех остальных секторов и отраслей промышленности. Обеспечивая экономику средствами производства, машиностроение содействует развитию всех остальных обрабатывающих производств энергетического, топливного сектора, сельского хозяйства. Поэтому эффективное использование налогового стимулирования требует детального изучения особенностей реализации инновационного процесса, а также уплачиваемых видов налогов, имеющих разный характер в зависимости от объемов производства в данной отрасли.