При этом важную роль в поддержке инновационного бизнеса необходимо отводить региональным и муниципальным органам власти, которые в связи с близостью к субъектам хозяйствования, расположенным на соответствующей территории, способны наиболее эффективно управлять и контролировать их деятельность.

3. Неэффективность законопроектов из-за нарушения сочетания принимаемых мер с действующими нормами законодательства и противоречия общепринятой тенденции снижения налоговой нагрузки.

Некоторые обсуждаемые в настоящее время законопроекты, а также законодательные акты, уже введенные в действие и регулирующие налогообложение инновационной деятельности, часто являются заведомо неэффективными.

Так, Министерством финансов предлагается введение нулевой ставки по налогу на прибыль для инновационных компаний. Однако, этот налог в любом случае не будет уплачиваться такими компаниями, поскольку по инновационным проектам прибыль может быть получена через 5 и даже 20 лет. В этом смысле дарованная льгота не может считаться действенным инструментом поддержки налоговой инновационной политики.

Также обсуждается введение налога на модернизацию, что еще больше усилит фискальную направленность налоговой политики в сфере инноваций и еще больше увеличит налоговое бремя на инновационные организации8.

С 2009 г. внесена поправка о возможности единовременного признания некоторых расходов на научно-исследовательские работы (НИР), в том числе, не принесших результата и их списания, а также возможность ускоренного порядка амортизации основных средств, используемых исключительно для осуществления научно-технической деятельности, с коэффициентом не выше 3. В то же время налоговая нагрузка на инновационные предприятия возросла после вступления в силу ФЗ «О страховых взносах в Пенсионный фонд, Фонд социального страхования, Федеральный и территориальный фонды обязательного медицинского страхования.9

Сейчас уже понятно, что если понижения страховых взносов не произойдет, то уйти в тень постараются многие представители малого и среднего бизнеса. Поэтому Правительством РФ обсуждается вариант снижения ставки страховых взносов, предусматривающий понижение общей ставки до 30 %, а для малого бизнеса – до 20 %. Однако и эти ставки являются достаточно высокими, против 26 и 14 %, действующих до 2010 года.

4. Недостаточность, бессистемность, неэффективность действующих мер налоговой поддержки инновационной деятельности.

На современном этапе остро стоит проблема выбора методов и инструментов налогового стимулирования инновационной деятельности с точки зрения их практической реализации, в силу их недостаточности, фрагментарности, бессистемности и неэффективности, что затрудняет или делает невозможным применение действующих налоговых льгот, а также доказательство самого факта осуществления инновационной деятельности. Особое внимание должно обращаться на то, чтобы не просто предусмотреть ту или иную меру, нужно еще и наладить эффективное применение таких мер, т.е. эффективное администрирование, выступающее необходимым условием стимулирования и модернизации инновационно-ориентированной экономики.

Неоднозначная и законодательно незакрепленная трактовка действующих условий применения налоговых льгот, приводит к различной интерпретации возможностей их использования. Это создает ситуацию нестабильности, усиления неравномерности формирования и распределения налоговых баз на территориях в условиях инноватизации экономики, в силу того, что одни организации будут признаны инновационными в одних регионах, и не будут считаться таковыми в других. Если каждый субъект РФ будет руководствоваться собственными правилами, поддерживать разных субъектов экономических отношений, то прийти к единой системе поддержки деятельности такого рода будет невозможно.