На XVI съезде партии Генрих Ягода избирается кандидатом в лены ЦК ВКП(б), на XVII съезде – членом Центрального Комитета. Был членом ЦИК.
Обвинялся в сотрудничестве с царской охранкой, но Сталин счел представленные материалы неубедительными. Так как в свое время почти все архивы были уничтожены, подтвердить обвинение не удалось, и Сталин приказал «никогда к этому вопросу не возвращаться».
В декабре 1927 года в связи с десятилетием ВЧК – ГПУ – ОГПУ награжден орденом Красного Знамени. Как говорилось в представлении в Президиум ЦИКа, «одним из активных работников и ближайшим помощником т. Дзержинского по созданию органов ВЧК-ОГПУ был т. Ягода Генрих Генрихович, проявивший в самое трудное для страны время редкую энергию, распорядительность и самоотверженность в деле борьбы с контрреволюцией. Одновременно в качестве начальника Особого отдела т. Ягода имеет большие заслуги в деле организации и поднятия боеспособности Красной Армии. Ввиду этого Революционный Военный Совет ходатайствует о награждении т. Ягоды орденом Красного Знамени».
Впоследствии Г. Ягоду награждали не раз, в том числе орденом Ленина за участие в организации строительства Беломорско-Балтийского канала, который строили в основном заключенные.
В ноябре 1935 года стал первым из наркомов внутренних дел, кому было присвоено звание генерального комиссара госбезопасности. Ни Ф. Дзержинский, ни З. Менжинский, ни другие его предшественники специальных званий не имели.
При Г. Ягоде и под его непосредственным руководством проходили крупнейшие политические процессы, начавшиеся сразу же после убийства С. М. Кирова.
25 сентября 1936 года, находясь на отдыхе в Сочи, Сталин телеграфирует Кагановичу, Молотову и другим членам Политбюро: «Считаем абсолютно необходимым и срочным делом (вместе со Сталиным отдыхал Жданов) назначение т. Ежова на пост наркомвнутдел.
Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского блока. ОГПУ опоздало в этом деле на 4 года. Об этом говорят все партработники и большинство областных представителей НКВД».
С 27 сентября 1936 года Г. Ягода – народный комиссар почты и телеграфа. 3 апреля 1937 года его освобождают от должности и выводят из состава ЦИКа, его имя снимается с Высшей пограничной школы и других учреждений и организаций. Начинается следствие по его делу.
На следствии и суде Г. Ягода признал, что участвовал в убийствах Кирова, Горького, Менжинского, Куйбышева, М. А. Пешкова (?), покушении на жизнь нового наркома внутренних дел Ежова, руководил правотроцкистским блоком «с целью свержения Советской власти и восстановления в СССР капитализма». Как ни странно, но иностранным шпионом Г. Ягода признать себя отказался. Скорей всего, Сталин и Ежов на этом особенно не настаивали.
15 марта 1938 года все 17 обвиняемых, в том числе первый нарком внутренних дел РСФСР А. И. Рыков и Г. Г. Ягода, были расстреляны.
Все ближайшие родственники бывшего наркома в разные годы были репрессированы. Удалось спастись лишь сыну Генриху, 1929 года рождения. Он был осужден в 1949 году Особым совещанием при МГБ СССР и освобожден по амнистии в 1953 году. Впоследствии получил инженерное образование и под чужим именем вместе с семьей проживал на Украине.
Жена Ягоды – Ида Леонидовна, племянница Якова Свердлова, – была арестована и погибла в заключении.
Думаю, что жена Ягоды племянницей Свердлова все же не была, как принято считать. Во всяком случае, мне об этом слышать не приходилось. Своей карьерой Ягода обязан явно не Свердлову. Дзержинский, Менжинский… Вообще, в органах безопасности с самого начала их существования было много инородцев из поляков, так что выдвижение Ягоды понятно в какой-то степени.