Из Чудовского монастыря низложенного царя отвезли в Иосифо-Волоколамский монастырь, а там он попал в руки гетмана Жолкевского, который и увез его в Польшу, предварительно сняв с него иноческое платье, «одев во изрядные ризы», – ведь королю Польши надо было видеть не пленного монаха, а пленного русского царя. В Польше Василий Шуйский и умер через два года после своего пленения.

В монастырском храме Чуда Архангела Михаила, в глубоких белокаменных подвалах, по преданию, был заключен патриарх Гермоген. Твердый защитник интересов православия, он не шел ни на какие компромиссы. Гермоген требовал крещения Марины Мнишек, чем и вызвал недовольство первого самозванца. Патриарх противился кандидатуре польского королевича Владислава на русский престол. Поддерживая Михаила Романова, он выступал против боярских предложений о присяге королю Польши Сигизмунду III.

На требование изменников-бояр остановить русское ополчение, приближающееся к Москве, Гермоген твердо ответил: «Я их благославляю против вас стояти и помереть за православную христианскую веру». Тогда-то и арестовали Гермогена.

Он не смирился с оккупацией Москвы и, находясь под домашним арестом, стал рассылать грамоты по Русской земле с призывами выступать против интервентов. Мужественный патриарх отвечал на угрозы врагов. «Да будут те благословени, которые идут на очищение Московского государства, а вы, – говорил он боярам, – окаянные московские изменники, будете прокляты».

Последние дни жизни бесстрашного патриарха, которого называли «непоколебимым столпом», поддерживающим «великую палату» – Россию, – прошли в заключении: было ему «гонение и теснота великая». Гермогена посадили в подземную тюрьму, морили голодом – «опечалиша его кормлею и питием», и патриарх-страдалец скончался 17 февраля 1612 г. «по многом страдании и тесноте».

В память этих событий в нижнем этаже Михайлоархангельской церкви в 1913 г. освятили церковь во имя мученика Гермогена, тезоименитого патриарху.

Чудов монастырь приобрел известность и как средоточие просвещения на Руси. Здесь была открыта одна из первых в Москве школ, учрежденных для подготовки «справщиков», то есть ученых людей, знающих, как исправить богослужебные книги, в которые при многочисленных переписываниях проникло множество ошибок.

Само дело исправления книг, по словам И.Е. Забелина, «не замедлило обнаружить всю глубину и необозримую широту тогдашнего русского невежества и его кровных чад: суеверия, легковерия, суемудрия и самомнения». Руководителем школы сделали грека Арсения, учившегося в Риме. Его привез в Москву в 1649 г. иерусалимский патриарх, и Арсений остался здесь. Позднее его приблизил к себе патриарх Никон, однако через несколько лет ученого грека обвинили в ереси, и он, как образно пишет тот же И.Е. Забелин, «на одинокой и потому утлой своей ладье потонул в глубине всеобщего невежества… Говорили про него, что он волхв, еретик, звездочетец, исполнен скверны и смрада езувитских ересей».

Здесь же, в Чудовом монастыре, обретался и знаменитый писатель, богослов Максим Грек.

Максим Грек, или Михаил Триволис (таково было его настоящее имя), в 1518 г. прибыл из Афона в Москву по приглашению великого князя Василия III для перевода и исправления богослужебных книг.

После выполнения первого же поручения – перевода толковой Псалтыри – он попросился обратно, но не тут-то было: в Московское государство было трудно попасть, но еще труднее кому-либо выбраться, если власти считали его полезным или же боялись, что он расскажет на Западе о московских порядках.