Под аркой между этими двумя храмами с 1686 г. в серебряной раке покоились мощи св. Алексия, рядом лежал посох его, а за стеклом на стене находилось одеяние.
Под монастырским храмом Святого Алексия в 1906 г. устроили церковь-усыпальницу великого князя Сергея Александровича, убитого террористами в Кремле, освященную во имя преподобного Сергия Радонежского. Ее украшал замечательной работы резной белокаменный иконостас, иконы для которого написал художник К.П. Степанов. Из такого же белого мрамора изваяли надгробие, стоявшее в центре подземного храма. Это был и небольшой музей древностей, в котором находились ценные вещи из коллекции, собиравшейся великим князем: иконы XVI и XVII вв., нательный крест XIV в. в серебряном ковчеге, а также личные вещи его. В храме находились носилки, на которых переносились останки Сергея Александровича, и гренадерская шинель, укрывавшая их. Автором проекта храма-усыпальницы был архитектор В.П. Загорский, а внутренняя отделка производилась по мысли и рисункам П.В. Жуковского.
В Чудовом монастыре была и четвертая церковь – во имя святого Андрея Первозванного, построенная для монастырской братии, упраздненная в 1814 г., она была в 1881 г. устроена вновь как домовая митрополичья.
Монастырь издавна был весьма почитаем – в церкви Чуда Михаила Архангела крестили многих младенцев из царского дома: детей Ивана Грозного, в 1554 г. – царевича Федора. В 1629 г. патриарх Филарет крестил своего внука – будущего царя Алексея Михайловича, а в 1672 г. здесь был крещен и царевич Петр – будущий преобразователь России, император Петр Великий. В 1818 г. в этой церкви состоялось крещение царя-освободителя Александра II.
Чудов монастырь памятен событиями, имевшими большое значение для истории русской церкви.
Так, сюда был заключен митрополит Исидор, присланный в Москву из Константинополя в 1437 г. и давший согласие на унию – присоединение восточного православия к западному католицизму. Когда митрополит во время церковной службы помянул папу римского, великий князь Василий II возмутился, громогласно назвал его латинским прелестником и велел запереть его в Чудовом монастыре. В.О. Ключевский писал: «Если бы великий князь Василий Васильевич не обличал злокозненного врага, сатанина сына грека Исидора, олатынил бы он русскую церковь, исказил бы древнее благочестие, насажденное у нас святым князем Владимиром».
Исидору удалось бежать из монастыря, но великий князь приказал не преследовать его. «Исидор нощию исшед тайно, – рассказывает летописец, – и со учениками своими, с Чернцом Григорием и Афанасием, и побежал с Москвы ко Твери, а изо Твери к Литве, да и к Риму». В Риме он и умер в 1462 г.
Чудов монастырь оказался связанным с, может быть, наиболее драматичными событиями в русской истории, когда само существование Руси как самостоятельного, суверенного образования было под угрозой.
Это было Смутное время: время разорения, нестроения и шатания всей Русской земли, после которого она вышла обновленной, строящейся, укрепляющейся, пока через триста лет ее не настиг очередной удар, после которого, надо надеяться, она снова выйдет возрожденной.
Чудов монастырь оказался связанным с судьбой главных действующих лиц драмы Смутного времени: Лжедмитрием I, Василием Шуйским и патриархом Гермогеном, и если для первого Чудов монастырь был только одним из этапов в самом начале его головокружительной карьеры, то для двух других он стал мрачным свидетелем их либо политической, либо физической смерти.
Было высказано много предположений о происхождении Лжедмитрия. По наиболее вероятным из них, он был сыном галицкого дворянина Богдана Отрепьева, стрелецкого сотника, погибшего в московской Немецкой слободе, вероятно, в пьяной драке. Его сын Юрий попал в молодости к боярам Романовым, и, когда царь Борис Годунов обрушил свой гнев и преследования на них, Юрию Отрепьеву пришлось спасать свою жизнь в монастыре – он постригся в монахи под именем Григория и, пользуясь протекцией, попал в кремлевский Чудов монастырь. Его заступники просили архимандрита, «чтоб его велел взять в монастырь и велел бы ему жити в келье у деда у своего у Замятни».