В начале XIX в. Кремль вновь потребовал реставрации. Современники отмечали, что он находился «в ветхом и запущенном состоянии». Внутри кремлевских стен проверкой была выявлена «нечистота великая… особенно в зданиях Сената, под соборами… и даже во дворце… мимо так называемых Темных ворот, составлявших некогда проезд под дворцом на Красную площадь, к соборам, страшно было ходить». Было решено даже поставить специальный караул между Троицкими и Боровицкими воротами, «дабы в них не могли укрыться мошенники». Длинный корпус Хлебного, Кормового и Сытного дворов представлял собой не что иное, как «развалины», и мимо него запрещено было даже ездить, «чтоб от сотрясения мостовой и в самом деле не обвалить всего здания».

В 1805–1807 гг. обветшавшая и грозившая рухнуть Водовзводная башня была полностью разобрана и заново восстановлена. От прежней постройки остался только ее белокаменный фундамент. Одновременно в 1806 г. была надстроена в «готическом» стиле Никольская башня, единственная на тот момент не имевшая шатрового верха. Вместе с тем именно в эти годы Кремль лишился целого ряда древних построек. С согласия Александра I и по приказу тогдашнего начальника дворцового ведомства П. С. Валуева в 1803 г. были снесены Гербовые ворота, часть Потешного дворца, корпус Хлебного, Кормового и Сытного дворов. В 1806 г. эта судьба постигла дом Бориса Годунова, проданный с аукциона на слом. В 1807 г. сломали Троицкое подворье. В 1808 г. были уничтожены все здания Заднего государева двора.

В это же время Московский Кремль приобретает еще одну функцию – музейную. Впервые мысль устроить в нем музей принадлежала еще Петру I. 10 января 1718 г. он, в сопровождении начальника Приказа Большой Казны боярина П. И. Прозоровского, посетил Мастерскую и Казенную палаты в Кремле. Осмотрев хранившиеся там царские венцы, платья и прочую «свою государеву казну», он распорядился отремонтировать обветшавшее помещение Казенной палаты. Во вновь отделанных ее комнатах государь велел сделать дубовые шкафы, «и те б все вышеописанные царские венцы и платье и все вещи поставить в тех шкафах явственно за стеклы». Однако эта идея нашла свое воплощение только спустя столетие. В 1806–1812 гг. на месте сломанных дворцовых корпусов архитектор И. В. Еготов построил в стиле классики XIX в. здание для Оружейной палаты, которая с 1806 г. приобретает характер музея. Правда, следует оговориться, что это не то здание, где она помещается ныне, а другое, превращенное в 1851 г. в казарму. По соседству с Оружейной палатой были выстроены три Кавалерских корпуса для помещения свиты.

В. Ф. Тимм. Коронационные торжества на Красной площади. 1856 г.

Настоящей трагедией для Кремля стала Отечественная война 1812 г. В понедельник 2 сентября французы вступили в Москву. В тот же день в разных концах Москвы одновременно вспыхнули пожары. Тушить их было некому – в огромном городе оставалось не более десяти тысяч жителей. Через сутки вся Москва была охвачена огнем. Наполеон со своим штабом сначала поселился в Кремле, но уже 4 сентября, опасаясь, что огонь может перекинуться и сюда, перебрался в Петровский дворец на Петербургском шоссе. Только 8 сентября, когда пламя стало стихать, он снова вернулся в Кремль.

Захват Москвы не означал, как надеялся французский император, окончания войны. 10 октября, после 39 дней пребывания в древней столице России, он вынужден был покинуть ее, отдав приказ маршалу Мортье взорвать уцелевший от страшного сентябрьского пожара Кремль. От взрывов сильно пострадали Грановитая палата, Арсенал, Потешный дворец, пристройка к Ивану Великому (сама колокольня дала трещину, но все же устояла); рухнула Водовзводная башня, наполовину обрушилась Никольская; было повреждено здание Сената, а кремлевские стены получили проломы в пяти местах. Полностью разрушить Кремль французам помешали погода – в день отступления случился проливной дождь и натиск ворвавшихся в Москву казаков. Кремлевские храмы были разграблены – из них французы вывезли 325 пудов серебра и 18 пудов золота. Были сняты крест с колокольни Ивана Великого, двуглавый орел с Никольских ворот, изображение Георгия Победоносца со здания Сената.