Царский двор уже в 1710 году временно пребывал в Петербурге. Обосновался же он в новом городе на постоянное жительство в 1712 году, когда Петербург был объявлен столицей государства. С этого времени потянулись в Северную столицу из Москвы на постоянное житье представители иностранных государств. Центральное правительственное учреждение – Сенат – утвердилось в Петербурге с конца 1713 года.
В Москве был оставлен один из сенаторов, а с 1714 года здесь находилась Канцелярия сенатского правления.
В 1720 году в Москве был учрежден городской магистрат – коллегия из постоянных членов, избираемых пожизненно. Ему не были подведомственны дворянство, духовенство и иностранцы, он занимался делами остальных московских жителей – «регулярных» и «подлых». Регулярные граждане принадлежали к двум гильдиям. В первую входили богатые купцы и фабриканты, врачи, аптекари, художники и архитекторы; во вторую – мелкие торговцы и ремесленники. «Подлыми людьми» считались «обретающиеся в наймах, на черных работах и тем подобные». От каждой гильдии регулярных граждан выбирались старшины и старосты – советники в магистрате; старосты и десятники «подлого люда» могли лишь сообщать в магистрат о нуждах их подопечных.
Магистрат наблюдал за раскладкой и сбором государственных податей и отбыванием повинностей, работой полиции, мог «заводить хотя бы малые школы, сиротские дома, госпитали и стараться о размножении мануфактур и рукоделий, особенно таких, каких прежде не бывало».
Московский магистрат просуществовал до 1727 года, когда был преобразован в ратушу.
В Москве, как во второй столице, постепенно создавалась как бы копия центрального правительственного аппарата. В ней находились конторы петербургских коллегий, причем по объему работы эти конторы не уступали коллегиям.
Являясь главным экономическим центром страны, Москва притягивала к себе правительственные органы, ведавшие государственным хозяйством – Мануфактур-коллегию, Коммерц-коллегию, Вотчинную коллегию, Юстиц-коллегию…
Большая часть административных преобразований Петра I разрабатывалась и осуществлялась в Москве. После переезда правительства в Петербург, Москва считалась второй столицей России. Правительство вынуждено было учредить в ней отделения Сената и центральных учреждений. Кроме того, здесь оставались целиком центральные органы финансового и судебного управления. Правительство также вынуждено было поручить московским учреждениям выполнение части общегосударственных мероприятий.
Охранение порядка среди крикливой и озорной толпы, наполнявшей московские торговые площади, было нелегким делом, рядовые старосты и объезжие головы, пытаясь унять особенно горластых и задиристых, получали в ответ лишь еще пущую брань и угрозу побоища. Благочиние нельзя было водворить даже среди безместных попов, собиравшихся в ожидании найма для богослужений у храма Василия Блаженного и на Спасском (Фроловском) мосту. Патриарший тиун жаловался в своем донесении, что «безместные попы и дьяконы садятся у Фроловского моста и бесчинства чинят великие, меж собой бранятся и укоризны чинят скаредные и смехотворные, а иные меж собой играют и борются, и в кулачки бьются».
Поэтому охраняли в Москве, главным образом, один Кремль, который с наступлением темноты запирался. Чтобы часовые не спали, они должны были выкрикивать нараспев каждый по своей фразе, один за другим: «Пресвятая Богородица, спаси нас!», «Все святые, молите Бога о нас!», «Славен город Москва!», «Славен город Тверь!» и так далее, пока очередь не доходила опять до первого часового, и все повторялось сначала.