2-е отделение – по артиллерийским управлениям фронтов, артотделов армий, артиллерии Резерва Верховного Главнокомандования, Управлению Гвардейских минометных частей, гвардейским минометным частям;

3-е отделение – по Главному артиллерийскому управлению Красной Армии.

4-й отдел (Г. С. Балясный-Болотин) в составе четырех отделений:

1-е отделение – по руководству агентурно-оперативной работой особых органов (по родам войск) на Карельском, Ленинградском, Волховском, Северо-Западном, Калининском фронтах, в 7-й отдельной армии[28], резервных армиях;

2-е отделение – по руководству агентурно-оперативной работой особых органов (по родам войск) на Западном, Брянском[29], Юго-Западном, Южном, Северо-Кавказском[30] фронтах;

3-е отделение – по борьбе с изменой, дезертирством, самострелами, организации заградительной службы;

4-е отделение – по редакциям военных газет, органам военной прокуратуры, военным трибуналам, военным академиям, Центральному дому Красной Армии.

5-й отдел (К. П. Прохоренко[31]) в составе двух отделений:

1-е отделение – по Главному интендантскому управлению Красной Армии, управлениям фронтов, интендантским отделам армий, Управлению снабжения горючим;

2-е отделение – по Главному санитарному управлению Красной Армии, Ветеринарному управлению, фронтовым и окружным сан– и ветслужбам, Главному автодорожном управлению, Главвоенстрою, Военпроекту (академии).

6-й отдел (С. П. Юхимович) в составе четырех отделений:

1-е отделение – по пограничным войскам и учебным заведениям войск НКВД;

2-е отделение – по внутренним войскам и войскам ох раны тыла фронтов;

3-е отделение – по железнодорожным, промышленным и конвойным войскам;

4-е отделение – по органам военного снабжения войск НКВД.

7-й отдел (А. Ф. Соловьев) в составе двух отделений:

1-е отделение – по действующему учету управления особых отделов, отчетности фронтовых особорганов, учету изменников, шпионов, диверсантов, террористов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветских элементов, особому учету изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних;

2-е отделение – по проверке номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифроработников, допуску к секретно-мобилизационной работе, проверке командируемых за границу и личного состава Красной Армии и Военно-Морского Флота.

8-й отдел (М. П. Шариков) в составе двух отделений:

1-е отделение – шифровальное;

2-е отделение – по агентурно-оперативному обслуживанию шифроорганов Красной Армии, инспектированию шифроорганов особых отделов, учету и пересылке шифров.

9-й отдел (П. А. Гладков[32]) в составе двух отделений:

1-е отделение – по Главному морскому штабу, Разведуправлению ВМФ, Школе Разведупра, управлениям наркомата, частям и учреждениям НК ВМФ центрального подчинения и их периферийным объектам;

2-е отделение – по управлению, штабу, узлу связи ВВС ВМФ, управлению ПВО ВМФ;

10 отдел (И. И. Горгонов[33]) – по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов;

11 отдел (А. Е. Кочетков) – по инженерным и химическим войскам, саперным армиям, оборонительного строительства и войскам связи;

12 отдел (П. М. Чайковский) – по Главному управлению формирований и комплектованию Красной Армии.

В июне 1942 года штатная численность Управления особых отделов НКВД СССР составляла 225 человек.

Деятельность УОО НКВД под руководством Виктора Абакумова пришлась на самый суровый и трагический период Великой Отечественной войны – 1941–1942 годы. Враг захватил Прибалтику, Белоруссию и Украину, блокировал Ленинград, оккупировал Карелию и Крым, стоял у ворот Москвы, рвался на берега Дона, Волги и в предгорья Северного Кавказа. Под натиском наглого, самоуверенного противника Красная армия отступала на всех фронтовых направлениях. На полях сражений решалась судьба советского строя, судьба страны. Необходимы были самые жесткие меры, чтобы переломить ситуацию, остановить войска, заставить их сражаться. Такие меры последовали. Управлению особых отделов отводилась одна из главных ролей в их осуществлении.