19 июля 1941 года начальником Управления особых отделов (УОО) НКВД СССР был назначен заместитель наркома Берии комиссар госбезопасности 3-го ранга Виктор Семенович Абакумов (звание присвоено 9 июля). По постановлению ГКО СССР от 20 июля 1941 года произошло слияние НКВД с НКГБ в новую структуру – Наркомат внутренних дел СССР во главе с Л. П. Берией. Соответственно, первым заместителем Абакумова был назначен начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) управления НКГБ комиссар ГБ 3-го ранга С. Р. Мильнштейн[17]. Назначение на должность начальника особого отдела Северного фронта[18] получил начальник УНКГБ по г. Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга П. Т. Куприн[19], Северо-Западного фронта[20] – прокурор СССР генерал-майор В. М. Бочков[21] (по совместительству), Западного фронта[22] – нарком НКГБ Белорусской ССР комиссар ГБ 3-го ранга Л. Ф. Цанава[23] (с октября 1941 года – начальник 3-го отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга А. М. Белянов[24], Юго-Западного фронта[25] – начальник 3-го управления НКО СССР комиссар 3-го ранга А. Н. Михеев, Южного фронта[26] – нарком НКГБ Молдавской ССР комиссар ГБ 3-го ранга Н. С. Сазыкин[27]. В августе – декабре 1941 года были назначены еще три заместителя В. С. Абакумова – дивизионный комиссар Ф. Я. Тутушкин, Н. А. Осетров и Л. Ф. Цанава. Всего по штатам УОО НКВД числилось 387 человек. К концу 1941 года структура Управления особы отделов имела следующий вид (флотские органы военной контрразведки остались в составе НК ВМФ):

Руководство.

Секретариат.

Оперативное отделение.

Следственная часть.

1-й отдел (Генеральный штаб, штабы фронтов, армий, разведуправление).

2-й отдел (ВВС, ПВО, ВДВ).

3-й отдел (танковые войска, артиллерия).

4-й отдел (по руководству работой особых органов фронтов по родам войск).

5-й отдел (службы тыла).

6-й отдел (войска НКВД).

7-й отдел (оперативный учет).

8-й отдел (шифровальный).

Административно-хозяйственно-финансовое отделение.

В январе 1942 года в состав УОО НКВД вошла контр разведка флота. Был создан 9-й отдел (ВМФ). А в июне того же года к уже существующим девяти отделам добавилось три новых:

10-й отдел (по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов);

11-й отдел (инженерные и химические войска, саперные армии, оборонительного строительства и войска связи);

12-й отдел (Главное управление формирований и комплектования Красной Армии).

На 30 июня 1942 года расстановка начальствующего состава и структура Управления особых отделов выглядела так:

Руководство (В. С. Абакумов, С. Р. Мильштейн, Ф. Я. Тутушкин, Н. А. Осетров, Л. Ф. Цанава).

Секретариат (Я. М. Броверман).

Оперативное отделение (А. В. Миусов).

Следственная часть (Б. С. Павловский) в составе трех отделений:

1-е отделение – по шпионажу;

2-е отделение – по антисоветским формированиям;

3-е отделение – по руководству следственной работой на периферии.

1-й отдел (И. И. Москаленко) в составе трех отделений:

1-е отделение – по оперативному управлению Генерального штаба, штабам фронтов и армий;

2-е отделение – по всем другим управлениям и отделам Генштаба;

3-е отделение – по Главному разведывательному управлению Генштаба, разведорганам фронтов и армий.

2-й отдел (А. А. Авсеевич) в составе пяти отделений:

1-е отделение – по штабу ВВС;

2-е отделение – по вооружению и тылу ВВС;

3-е отделение – по Академии ВВС и периферийным частям ВВС;

4-е отделение – по ПВО;

5-е отделение – по ВДВ.

3-й отдел (В. П. Рогов) в составе трех отделений:

1-е отделение – по Главному автобронетанковому управлению Красной Армии, управлениям фронтов, армий, танковых армий, корпусов и бригад;