В целом, несмотря на недовольство матросов ленинским Брестским миром с немцами, в апреле-мае 1918 года флотилия поддерживала партию большевиков. Разумеется, такая ситуация устраивала далеко и всех. И 30 мая эсерами и меньшевиками была предпринята попытка достаточно неуклюжая рассорить матросов с большевиками. Для этого по городу было распространено сообщение о том, что матросы флотилии собирают митинг всех воинских частей и рабочих бакинских заводов для обсуждения текущего момента и смены власти в городе. Извещение было подписано вымышленными именами председателя судового комитета, канонерской лодки «Ардаган» Аникина и секретаря комитета Игнатова, которых в составе экипажа лодки «Ардаган» не было.

Первыми возмутились этой провокацией матросы с канонерской лодки «Ардаган». В своем воззвании они поспешили заверить городскую общественность и членов Бакинской коммуны, что твердо стоят на позициях Советской власти и большевиков: «Комитет утверждает, что данные повестки являются провокационными.

Ни комитет, ни команда канонерской лодки „Ардаган“ до последнего момента ничего не знали о митинге. Председателя Аникина и секретаря Игнатова на „Ардагане“ не существует. Ясно, что контрреволюционные силы вновь стараются применить прежний способ, применявшийся ими перед гражданской войной. Товарищи рабочие и красноармейцы! Не поддавайтесь хитрым уловкам контрреволюционеров. Мы, ардаганцы, стоим на страже интересов завоеваний Октябрьской революции. Пусть это подпольное шипение змеи послужит цементом для большего объединения. Товарищи рабочие и красноармейцы, тесными рядами, рука об руку по пути Интернационала, мы, моряки, идем всегда с вами. Да здравствует социальная революция, да здравствует Бакинский Совет Народных Комиссаров, да здравствует Рабоче-крестьянское правительство! Комитет канонерской лодки „Ардаган“. Резолюцию „Ардагана“ полностью поддержали остальные корабли и суда флотилии.

Ужас азербайджанской резни вызвал у большинства матросов вполне понятное желание уйти в Астрахань, там бросить суда и разойтись по домам. Однако офицерам, считавшим, что флотилия своим уходом будет способствовать утверждению в Баку Советской власти и дальнейшему продвижению германо-турецких войск на Кавказе, все же уговорили матросов повременить с уходом.

В свою очередь, в Совнаркоме так же понимали, что только от позиции матросов будет зависеть, удержится ли Советская власть в Баку или нет. Для этого следовало попробовать переагитировать каспийцев на свою сторону, а если это не удастся, то просто расформировать флотилию и разогнать местную „братву“, от которой теперь центральной власти было больше вреда, чем пользы. При этом предполагалось, под видом объединения Астраханской и Каспийской флотилий, все боевые корабли перевести из Баку в Астрахань. С этой целью в Баку в срочном порядке были отправлены матрос Пендюрин, назначенный „особым комиссаром по ликвидации Каспийской военной флотилии“. Однако Пендюрин оказался не готов к решению серьезных вопросов. Поэтому вскоре вслед за ним в Баку с эшелоном балтийских матросов были направлены матросы-большевики В. Ф. Полухин и Э. А. Берг, являвшиеся весьма опытными организаторами и авторитетными матросскими лидерами. В. Ф. Полухин при этом был назначен главным комиссаром Каспийской флотилии, а Э. А. Берг его помощником.

Что касается особого комиссара В. Ф. Полухина, то он был из старых матросов. На Балтийский флот его призвали еще в 1907 году. После окончания класса гальванеров учебно-артиллерийского отряда, служил на крейсере „Адмирал Макаров“. В 1913 году был уволен в запас. С началом Первой мировой войны, В. Ф. Полухина снова призвали на флот. Служил на линкоре „Гангут“. В октябре 1915 года был арестован, как „неблагонадежный“ разжалован из унтер-офицеров в рядовые и переведен с Балтийского флота в команду службы связи Белого моря. В феврале 1917 года был избран моряками в Мурманский городской совет. В конце мая 1917 года В. Ф. Полухин избирается членом Центрального комитета флотилии Северного Ледовитого океана и членом Архангельского исполкома. В августе 1917 года В. Ф. Полухин был направлен в Центральный комитет Всероссийского военного флота. Входил в большевистскую секцию Центрофлота. В сентябре объезжал корабли в Ревеле и Гельсингфорсе, проверяя готовность команд к вооруженному восстанию в Петрограде. Являлся делегатом 2-го съезда Балтийского флота. В конце 1917 года командовал матросским отрядом. На 1-м Всероссийском съезде моряков военного флота был избран в законодательный совет Морского ведомства при ВЦИК. Как председатель этого совета, участвовал в совещаниях Совнаркома. В апреле 1918 года В. Ф. Полухин был назначен комиссаром особых поручений при коллегии Народного комиссариата по морским делам.