Но уже в январе 1918 года каспийцы в новой власти разочаровались. Руководство Центрокаспия, стоявшее во главе флотилии, заняло умеренную позицию. Помимо большевиков Центрокаспий поддерживал контакты с лидерами бакинских меньшевиков и эсеров. В целом, с начала 1918 года Центрокаспий находился к Бакинскому Совету и к большевикам вообще, как к правительственной партии, в оппозиции откровенно анархистского толка, мало чем отличающейся от тогдашней позиции Центробалта, ЦК Черноморского флота или Целедофлота.

Рассадником антибольшевицких настроений на Каспийской флотилии являлась школа морской авиации, большинство личного состава которой состояло из офицеров и юнкеров. При этом летчики пользовались авторитетом у матросов флотилии, поэтому школа оказывала серьезное влияние на матросов флотилии. В январе 1918 года, при явном попустительстве Центрокаспия, группа офицеров и юнкеров школы и матросов береговой роты захватили склад оружия, предназначенного для вооружения местной Красной гвардии. Этот захват разбирался на совещании Исполкома Бакинского Совета. Большинство выступавших осудили поведение офицеров школы морской авиации, как направленное против интересов Советской власти, но реальных последствий ни для кого это выступление не имело.

С начала 1918 года в Баку наметилось и столкновение интересов интернационального по составу Бакинского совета, возглавляемым соратником В. И. Ленина армянином С. Г. Шаумяном, поддержанного находившимися в городе нескольким тысячами армянских национальных войск, с мусаватистами и 1-й дивизией формировавшегося ранее мусульманского корпуса.

31 марта 1918 года состоялись новые выборы в руководство Центрокаспия. Всего было избрано на этот раз уже 12 матросов и офицеров: по два представителя от кораблей «Карс», «Ардаган» и «Геок-Тепе» и школы морской авиации и по одному представителю от плавучих средств, радиотелеграфа и судов «Астрабад» и «Центрокаспий». Тогда же Центрокаспий признал намерения большевиков заключить сепаратный мир с Германией преступными, и объявил, что отныне не признает Советскую власть. При этом за непризнание советской власти проголосовали на митингах подавляющее большинство матросов флотилии. Однако затем матросы несколько уменьшили пыл. Последующая волна советизации, конечно, затронула и флотилию, в чем большую роль сыграли и бакинские большевики во главе со С. Г. Шаумяном, но в целом настороженное отношение к Советской власти у матросов сохранялось. Дело в том, что местные большевики на флотилии авторитетом не пользовались, т. к. почти все являлись представителями кавказских национальностей. Матросы же, в своем подавляющем большинстве, будучи русскими, кавказцев авторитетами для себя не считали.

После подписания Брестского мира на Каспийской флотилии начался массовый исход домой матросов старших возрастов. По планам Наркомата по морским делам флотилия подлежала ликвидации в связи с общим процессом демобилизации. При этом первый нарком по морским делам П. Е. Дыбенко, не понимая каспийской специфики, торопился процесс ликвидации флотилии ускорить. Чтобы доукомплектовать команды, флотилия была пополнена добровольцами, большинство которых состояли бакинские обыватели, привлеченные, главным образом, обмундированием, пайком и безопасностью службы, протекавшей в гавани и у набережной Баилова мыса. Большевиков среди матросов на флотилии почти не было. Наибольшим авторитетом у матросов пользовались меньшевики и левые эсеры. Определенное влияние было и у анархистов (а куда революционным матросам без них!).