Свидетельствуя об игуменстве Сергия, тот же подвижник пишет: «Слышахом о Блаженном Сергии… от неложных свидетелей, иже бяху в лета их, яко толику бодрости и тщание имеяху о пастве, яко ни мало небрежение или прослушание презрети. Бяху бо милостив, егда подобаше и напрасни, егда потреба быше, и обличающе и понуждающе ко благому согрешающие…» Все это дает нам облик вечно бодрствующего, зоркого наставника, следящего за каждым братом, особенно же за новичком, и, при всей мягкости своей, не допускающего уклонений от установленных правил. Введенная им суровая дисциплина, требовавшая от учеников постоянной бдительности над мыслями, словами и поступками своими, сделала из его Обители воспитательную школу, в которой создавались мужественные, бесстрашные люди, воспитанные на отказе от всего личного, работники общего блага и творцы нового народного сознания.

Приведенные Епифанием в жизнеописании установленные Преподобным правила указывают на суровость этой дисциплины. Так, после вечерни не разрешалось братии выходить из келий и беседовать друг с другом. Каждый должен был пребывать в своей келии и упражняться в молитве, в уединенном богомыслии и, чтобы руки их не были праздны, заниматься рукоделием, не давая возможности лености овладеть телом.

Часто в глухие зимние ночи Преподобный обходил тайно братские келии для наблюдения за исполнением правил его и если находил кого на молитве, или читающим книгу, или за ручным трудом, радовался духом и шел дальше; но если слышал празднословящих, то легким ударом в оконце подавал знак о прекращении недозволенной беседы и удалялся. Наутро же призывал провинившихся и наставлял их кротко, но сильно, и приводил к раскаянию. При этом, чтобы не задеть, он часто говорил притчами, пользуясь самыми простыми и обыденными образами и сравнениями, которые глубоко западали в душу провинившегося.

Другим замечательным правилом Преподобного было запрещение братии ходить из Обители по деревням и просить подаяния, даже в случае крайнего недостатка в пропитании. Он требовал, чтобы все жили от своего труда или от добровольных, не выпрошенных подаяний. Труд в его Учении играл огромную роль. Сам он подавал пример такого трудолюбия и требовал от братии такой же суровой жизни, какую вел сам. Как бы в подтверждение этого правила мы находим следующий пример из жизни самого Преподобного в те дни, когда в Обители еще существовал порядок особножития.

Преподобный однажды три дня оставался без пищи, а на рассвете четвертого пришел к одному из своих учеников, у которого, как он знал, был запас хлеба, и сказал ему: «Слышал я, что ты хочешь пристроить сени к твоей келий, построю я тебе их, чтобы руки мои не были праздны».

«Весьма желаю сего, – отвечал ему Даниил, – и ожидаю древодела из села, но как поручить тебе дело, пожалуй, запросишь с меня дорого?» – «Работа эта недорого обойдется тебе, – возразил Сергий. – Мне вот хочется гнилого хлеба, а он у тебя есть, больше же сего с тебя не потребую».

Даниил вынес ему решето с кусками гнилого хлеба, которого сам не мог есть, и сказал: «Вот, если хочешь, возьми, а больше не взыщи».

«Довольно мне сего с избытком, – сказал Сергий. – Но побереги до девятого часа, я не беру платы прежде работы».

И, туго подтянувшись поясом, принялся за работу. До позднего вечера рубил, пилил, тесал и наконец окончил постройку.

Старец Даниил снова вынес ему гнилые куски хлеба как условленную плату за целый день труда, тогда только Сергий стал есть заработанные им гнилые куски, запивая водой. Причем некоторые ученики из братии видели исходившую из уст его пыль от гнилого хлеба и изумлялись долготерпению своего наставника, не пожелавшего даже такую пищу принять без труда. Подобный пример лучше всего укреплял не окрепших еще в подвиге самоотвержения.