В 1994–1997 годах Березовский возглавлял «Автомобильный Всероссийский Альянс» (AVVA), созданный для сбора средств на строительство завода по выпуску дешёвых «народных автомобилей». Многие специалисты подозревали, что AVVA – финансовая пирамида. По данным руководства альянса, в результате размещения своих акций AVVA выручила около 20 млн долларов США. Согласно официальным заявлениям акционерного общества, собранных средств оказалось недостаточно. Были предприняты меры по производству автомобилей в Латинской Америке и Египте. В сентябре 2002 года состоялось открытие завода «GM-АВТОВАЗ».

Березовского обвиняли в организации убийства телеведущего и генерального директора ОРТ Владислава Листьева, происшедшего 1 марта 1995 года. Это утверждал, в частности, американский журналист Пол Хлебников в журнале «Форбс». Однако Березовский выиграл иск к Хлебникову в Высоком суде Лондона. В качестве мотива убийства Листьева рассматривался введенный им временный запрет рекламы на ОРТ, что должно было в дальнейшем привести к смене основных поставщиков рекламы. Однако это решение было принято с одобрения Березовского и Патаркацишвили, и Березовскому не было никакого смысла убивать Листьева. Наоборот, в первом телеинтервью после смерти Листьева Борис Абрамович выглядел очень испуганным и явно опасался, что покушавшиеся на Листьева могут постараться убрать и его самого.

В январе 1995 года Березовский участвовал в создании Общественного российского телевидения и вошёл в совет директоров ОРТ, а в 1999 году приобрёл ИД «Коммерсантъ». Против Березовского, начиная с 1999 года, неоднократно возбуждались уголовные дела.

В 1996 году Березовский стал инициатором переизбрания президента Бориса Ельцина на второй срок, хотя в начале года популярность Бориса Николаевича не превышала 3 %. Борис Абрамович создал «семибанкирщину» – объединение семи крупнейших и наиболее политически влиятельных олигархов, контролировавших основные телевизионные каналы страны, от которых фактически была отлучена оппозиция, и согласившихся финансировать предвыборную кампанию Ельцина, которая обеспечивалась тотальной пропагандой. Благодаря этому, а также массовым фальсификациям в российских автономных республиках Ельцин одержал победу во втором туре над лидером КПРФ Геннадием Зюгановым. В благодарность за победу Березовский был назначен заместителем секретаря Совета безопасности РФ. Он занимал этот пост в 1996–1997 годах и занимался прежде всего урегулированием чеченского конфликта. Борис Абрамович рассчитывал, что Чечня может стать привлекательным местом для инвестиций, на которых удастся заработать, но жестоко ошибся. В 1998–1999 годах Березовский являлся исполнительным секретарем СНГ, а в 1999–2000 годах – депутатом Госдумы.

С 1996 года Березовский являлся членом совета директоров «Сибирской нефтяной компании» («Сибнефть»). Генеральная прокуратура утверждала, что Березовский участвовал в спекуляциях на рынке ГКО, что стало одной из причин дефолта 1998 года.

Начиная с 1996 года и вплоть до 2000 года Березовский оказался вхож в ближайшее окружение Ельцина, был дружен с ее дочерью Татьяной Дьяченко и ее вторым мужем Валентином Юмашевым, в 1997–1998 годах возглавлявшим администрацию президента. Березовский выступал в качестве генератора идей, которые доносили до президента в удобоваримой для него форме Таня и Валя, как звали Дьяченко и Юмашева в узком кругу.

Березовский имел собственную службу безопасности – частное охранное предприятие «Атолл-1», которое возглавлял Сергей Юрьевич Соколов. В 1995 году оно было выделено из состава службы безопасности АО «ЛогоВАЗ» бизнес-партнёру и другу Березовского Аркадию (Бадри) Патаркацишвили. Сотрудники «Атолл-1» занимались не только охраной, но и сбором компромата (в том числе на высокопоставленных лиц) с использованием негласного прослушивания с аудиозаписью телефонных переговоров и помещений и снятием информации с технических каналов связи, скрытой видеосъёмки, наружного наблюдения и др. ЧОП «Атолл-1» было закрыто РУБОП Восточного округа города Москвы в 1999 году, после первого отъезда Березовского в эмиграцию.