Его предшественник, бывший подполковник левый эсер М. А. Муравьев, пытавшийся заключить перемирие с командованием восставшего Чешско-Словацкого корпуса и повернуть войска фронта против Германии, был убит при попытке поднять мятеж. Требовалось срочно назначить нового командующего, человека политически надежного и опытного в военных вопросах. Собственно говоря, достойных соперников на этот пост у И. И. Вацетиса в те дни и не виделось.

19 июля Вацетис вступил в новую должность. В тот же день он провел первое совещание с членами Реввоенсовета фронта. Он добился, чтобы новым начальником фронтового штаба был назначен выпускник Академии Генерального штаба, бывший капитан П. М. Майгур. В тот же день в Москву из штаба Восточного фронта было отправлено первое донесение за подписью Вацетиса:

«Революционный военный совет считает своим долгом поставить в известность, что под Симбирском и Екатеринбургом положение критическое, наши войска бегут не сражаясь. Надо спасти Симбирск и Екатеринбург, в особенности надо удержать за нами Симбирск, ибо с потерей его мы лишимся исходного положения на Волге».

Вацетис стал своей властью и возможностями укреплять Восточный фронт. Он попытался спасти Симбирск присылкой туда 5-го Земгальского и 1-го Либавского латышских стрелковых полков, стоявших тогда в Бологом и Великих Луках. По его просьбе председатель Совнаркома В. И. Ульянов (Ленин) требует направить на Восточный фронт «максимум питерских рабочих». Но к началу августа 1919 года численность присланных подкреплений составляла всего лишь 11,5 тысячи человек при 19 орудиях, 136 пулеметах, 16 самолетах, 6 бронепоездах и трех бронеавтомобилях.

Командующий фронтом неустанно занимался реорганизацией подчиненных ему войск: отдельные отряды самой различной численности превращаются в полки и бригады. Войска так называемого Северо-Урало-Сибирского фронта сводятся в 3-ю армию. Во главе ее ставится преподаватель Академии Генерального штаба Б. П. Богословский. Особая армия А. А. Ржевского переименовывается в 4-ю армию.

В конце июля Восточный фронт имел 4 армии и 2 оперативные группы, представляя собой достаточно слаженный военный организм. Его войска действовали на огромном пространстве, на фронтовой линии протяженностью в две тысячи километров.

Вацетис требует от Москвы присылать ему бригады и дивизии с уже укомплектованными штабами, поскольку бывших офицеров с академическим образованием он имел крайне мало. Штабной работе, как организаторской, он оправданно придавал большое значение.

Когда начались трения между командующим Восточным фронтом и Высшим военным советом Республики, то есть лично между Вацетисом и М. Д. Бонч-Бруевичем (он своей властью распылял присылаемые резервы), Москва встала на сторону Иоакима Иоакимовича. Троцкий официально заявил:

«Вацетис пользуется полным доверием правительства и всей необходимой самостоятельностью…»

Постановлением Совнаркома РСФСР от 13 июня 1918 года на Восточном фронте создается Реввоенсовет в составе командующего и двух комиссаров – профессионального революционера П. А. Кобозева и рижского подпольщика К. Ю. Х. Данишевского.

Приходилось Вацетису бороться с такой фронтовой «болезнью», как ведение эшелонной войны. В начале Гражданской войны боевые действия велись, как правило, вдоль линий железных дорог. Небольшие красноармейские отряды, не имевшие единой организации и тыловых учреждений, использовали подвижной состав (паровозы и вагоны) для передвижения, жилья и хранения материальных запасов (военного снаряжения, провианта, огневых припасов). Но фронт борьбы Красного дела с Белым делом расширялся, и боевые действия теперь велись и на большом удалении от железных дорог.