В феврале 1945 года пять полков НКВД вместе с наступающими войсками Советской Армии из Литвы были переброшены в Восточную Пруссию. Часть из них (13-й, 86-й и 132-й) в июне 1945 года были возвращены обратно, а остальные расформированы – в связи с окончанием Великой Отечественной войны. Войска НКВД охраны тыла 1-го Прибалтийского фронта (31-й, 33-й и 216-й полки) так же сначала разместили на территории республики, потом их отправили в Восточную Пруссию, а затем снова вернули обратно. Правда, потом 216-й полк заменили на 217-й пограничный полк, который входил в состав Белорусского фронта. Из Латвии в Литву в июне 1945 года перебросили 12-й и 13-й пограничные полки. Затем 217-й пограничный полк был преобразован в 220-й пограничный полк. Его не отправили в Восточную Пруссию, зато его военнослужащим пришлось участвовать в ликвидации повстанческих отрядов.

В течение 1944–1945 годов в ликвидации «лесных братьев» участвовали семь пограничных полков: сначала 94-й, 95-й, 97-й, 23-й, а затем 113-й, 115-й и 116-й. Первые четыре из них участвовали в контрпартизанской борьбе до февраля 1945 года, затем 23-й полк направили для охраны побережья Балтийского моря, охранять границу между Литвой и Восточной Пруссией назначили 97-й и, частично, 95-й полк. А обеспечивать непроходимость границы между Литвой и Польшей возложили на 94-й и 95-й полки. Эти подразделения, численностью до 1000 человек, боролись с «лесными братьями» в пограничной полосе шириной 50–70 км, а также ловили тех, кто пытался тайно перейти сухопутную границу. К концу 1947 года, когда граница была полностью оснащена инженерно-техническими средствами охраны, оборудована минными полями и размещены пограничные посты, нелегально пересечь ее стало очень опасно. Это привело к тому, что западные разведки были вынуждены забрасывать своих агентов морским или воздушным путем.

Части и подразделения 4-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД (при содействии соединений и частей Советской Армии) участвовали с 1944 по 1945 год в 1764 операциях и 1413 боевых столкновений. В ходе них было убито и захвачено в плен 30 596 повстанцев и собрано 17 968 единиц стрелкового оружия.

Прибалтийские историки выделяют три этапа борьбы войск советской госбезопасности с повстанцами.

Первый этап продлился с 1944 по 1945 год. В это время советское командование активно использовало так называемую тактику «Каменного казака» «Tartar-Cossak». На практике это означало проведение контрпартизанских операций на территории всей республики.

Второй этап начался в марте 1946 года, когда войска были размещены в более чем 200 гарнизонах, и закончился в 1948 году, когда были подавлены основные очаги сопротивления повстанцев.

Третий этап начался в 1949 году, когда большинство населения Литвы начало поддерживать советскую власть.

Непосредственное участие в облавах, обысках и арестах принимали не все военнослужащие полков НКВД, средняя численность каждого из которых – примерно 1500 солдат и офицеров. Из них только 700–800 человек участвовали в боевых операциях. Остальные охраняли штаб полка и командование трех батальонов, а так же служили в вспомогательных подразделениях: связь, транспорт, медицина, снабжение и т. п.[116]

По-другому, выглядела ситуация с пограничными полками. Они имели постоянные места дислокации. Каждый полк состоял из трех батальонов (каждый численностью 300 человек). Соответственно, каждый батальон из трех рот (в каждой от 60 до 70 человек). Три взвода (в каждом от 15 до 25 солдат) образовывали роту. А каждый взвод состоял из трех отделений (в каждом от 6 до 8 человек)