Вся тяжесть наведения порядка на освобождаемых территориях легла на спешно создаваемые территориальные аппараты НКВД. Например, в Латвию будущее руководство республиканского комиссариата госбезопасности вошло вместе со штабом Прибалтийского фронта. Красная Армия продолжала наступление, а спешно созданные правоохранительные органы начали борьбу с политическим бандитизмом. Какими «силовыми» и оперативными ресурсами они располагали? Истребительными батальонами – укомплектованными местными жителями (признанными негодными к строевой службе), лояльно относящимися к советской власти. Их называли «отрядами самообороны», так как они базировались по месту жительства солдат. Сотрудников НКВД, присланных из других республик СССР. Этих людей было немного, да и те, по признанию заместителя министра республиканского МВД по кадрам Николая Захарова, были не самыми лучшими. Например, всех выпускников курсов усовершенствования Высшей школы НКВД СССР отправили на Украину и Молдавию, где большинство из них возглавили районные и городские органы милиции. Была еще 5-я дивизия внутренних войск НКВД СССР под командованием генерала Леонтьева, которая действовала на территории Латвии. К ней претензий у руководства республиканского НКВД не было[113].

В 1951 году из слушателей учебных заведений НКВД – МГБ расположенных в Саратове, Москве, Ленинграде и Орджоникидзе было сформированы отряды, общей численностью несколько сот человек, которые в течение нескольких месяцев находились на территории Латвии[114].

В июле-августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов на территорию Литвы вступили подразделения внутренних войск НКВД. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов, пособников противника. И это было остро необходимо, поскольку в этот период заметно активизировались антисоветские силы.

В августе 1944 года на территорию республики вошла 4-я стрелковая дивизия НКВД под командованием генерал-майора Павла Ветрова. Сначала на территории Литвы дислоцировались четыре полка: 137-й, 25-й, 298-й и 261-й. В начале 1946 года к ним присоединились 32-й и 273-й полки, затем в марте 34-й, 262-й и 285-й. В конце 1946 года на территории республики базировались восемь полков: 25-й, 32-й, 34-й, 137-й, 261-й, 273-й, 298-й и 353-й. Все они были выведены после апреля 1951 года. Затем три из них (25-й, 137-й и 273-й) были ориентированы на охрану государственной границы. Оставшиеся пять полков в августе 1951 года были преобразованы в подразделения, предназначенные для проведения специальных операций. Они существовали до 1953 года, когда на территории Литвы были ликвидированы все повстанческие формирования[115].

В Литве, в силу ряда причин, было самое многочисленное среди прибалтийских республик повстанческое движение. Например, весной 1945 года в нем участвовало до 30 тысяч человек. А в целом в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70–80 тысяч человек. Для сравнения, по состоянию на 1 января 1946 года в Латвии действовало 64 бандформирования общей численностью 753 человек, в Эстонии – 55, численностью 428 человек.

Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 года был образован руководящий главный штаб, который координировал деятельность по этим вопросам с командованием соединений и частей Советской Армии, дислоцировавшихся на территории Литвы.