Император Павел I был очень недоволен союзниками, не поддержавшими армию Суворова, и в особенности Англией, воспротивившейся его повелению занять Мальту. Он вышел из коалиции, отозвал Суворова с его армией и повелел Ушакову вернуться в Черное море.

После вступления на престол Императора Александра I в 1801 г. русской эскадре снова пришлось действовать в Средиземном море. Учрежденная на Ионических островах республика (Республика Семи Островов) подверглась новому давлению со стороны Франции. Для поддержания этой республики была послана эскадра коммодора Алексея Грейга (сына героя Чесмы), а в 1804 г. из Кронштадта была направлена в Средиземное море эскадра адмирала Д. Сенявина. Адмирал был назначен главнокомандующим русскими силами. Состав сил, подчиненных адмиралу, был следующий: 4 корабля Грейга, десантный корпус генерала Ласси и 5 кораблей Сенявина. Первым действием Сенявина было занятие Далматинского побережья, для чего он высадил десант, и генерал Ласси разбил французского маршала Мармона с его корпусом численностью 20 000 человек. Прекрасная бухта Бока-Которская была занята русскими.

В это время Турция перешла на сторону Франции, заключив с нею союз. Адмирал Сенявин перенес свои действия в район Дарданелл. Подойдя к острову Тенедос, он встретил английскую эскадру адмирала Дукверта, возвращавшуюся после неудачной атаки на Дарданеллы. Сенявин предложил англичанам совместно с ним снова атаковать Дарданеллы, но Дукворт отказался, заявив, что он идет на Мальту (которую тем временем уже заняли англичане и создали там прекрасную базу посреди Средиземного моря) исправлять полученные им повреждения во время боя под Дарданеллами. Адмиралу Сенявину оставалось рассчитывать только на свои силы. Он занял остров Тенедос и установил блокаду пролива.

10 мая 1807 г. турецкий флот попытался выйти из Дарданелл, но был атакован адмиралом Сенявиным. Турки потеряли два корабля и скрылись в проливе.

На Черном море действовала эскадра адмирала Пустошкина, но турки не покидали Босфора. Русский флот штурмовал крепость Анапу и занял ее. На этом и были закончены его действия.

Осенью 1807 г. Император Александр I после Тильзитского мира повелел адмиралу Сенявину покинуть турецкие острова и с эскадрой вернуться в Кронштадт.

В это время произошел разрыв между Англией и Россией, поэтому положение адмирала Сенявина стало очень тяжелым, так как для исполнения Высочайшего повеления он должен был пройти у берегов Англии и неминуемо столкнуться с английским флотом.

Пройдя благополучно Гибралтарский пролив, Сенявин очутился в океане и полагал обогнуть Англию, углубившись далеко в океан, но его расчеты были уничтожены сильнейшим штормом, который свирепствовал три недели. Шторм загнал адмирала и его эскадру в Лиссабон, но, к великому сожалению, этот город был атакован английскими войсками, а их флот заблокировал порт, и Сенявин оказался в мышеловке. Положение оказалось критическим, так как адмиралу надо было решить вопрос, выйти ли в море и вступить в бой с англичанами, флот которых во много раз превосходил русскую эскадру, или сжечь свои корабли. Не желая сделать ни то ни другое, он решился на хитрость и вступил в переговоры с адмиралом Китоном, в результате которых был подписан договор, по которому русская эскадра переходит в Портсмут под своим Андреевским флагом. По прибытии в Портсмут офицеры и команда должны были быть за счет Англии перевезены в Россию, а корабли – сданы на хранение в том виде, в котором она их получит. Следует сказать, что англичане в точности выполнили этот договор.