В 1932 году Шейндлин поступает в Самарский строительный институт. Он проучился там всего три дня. После встречи отца с одним из ведущих дизелистов страны он перевелся в Средневолжский энергетический, а потом, через полтора года, когда отца перевели в Москву, в Московский энергетический институт. Так началась энергетическая карьера будущего академика.

Нужно сказать, что МЭИ был очень непростым вузом. С одной стороны, уровень обучения был очень серьезным, а с другой стороны, курс Шейндлина состоял из так называемых «парттысячников» – из людей, которые были отобраны партийными организациями «для прохождения учебы». Так что больше половины однокурсников Шейндлина были сорокалетними партийцами, которые могли встать посреди лекции выдающегося ученого и заявить: «Мы на партгруппе нашего курса решили, что вы плохо читаете свой курс, и мы просим вас прекратить чтение лекций».

Несмотря на эти странности, несмотря на то, что успевающим юным студентам приходилось брать шефство над такими «парттысячниками», Александр успешно окончил МЭИ и по предложению окончившего на два года раньше Зиновия Берлина пошел работать в создаваемое Берлиным конструкторское бюро на заводе 239. Там собралась молодая и бесшабашная команда бывших студентов, обсуждавших порой самые фантастические идеи. И специалисты были под стать – к примеру, одним из коллег Шейндлина был будущий великий вертолетостроитель Камов, строивший неклассические вертолеты соосной схемы (все знают сверхсовременный Ка-52 «Аллигатор»). Но в этом бюро занимались энергетикой, в том числе и двигателями для подводной лодки. Первую свою научную работу Шейндлин посвятил активным турбинам в судостроении.

В 1939 году появилась возможность поступить в аспирантуру МЭИ. Но перед молодым специалистом встала серьёзная проблема: экзамен по основам марксизма-ленинизма. Александру повезло: преподавателя не нашлось, и его экзаменовал руководитель отдела аспирантуры, знавший предмет точно так же, как и Шейндлин: то есть никак. «Мы быстро нашли с ним общий язык. Этим и завершилась экзаменационная стадия моего приема в аспирантуру», – вспоминал Александр Ефремович.

Итак, Шейндлин – аспирант. И одновременно уже – сотрудник Энергетического института имени Кржижановского, ЭНИНа (впрочем, тогда Кржижановский, друг Ленина, им еще руководил), где в 1939 году создалась новая лаборатория по изучению водяного пара. И здесь молодому ученому снова повезло: экспериментальными работами руководил очень талантливый ученый, профессор Дмитрий Львович Тимрот, самостоятельно освоивший специальности стеклодува, слесаря, электрика и сварщика. Именно Тимрота Шейндлин будет считать своим первым учителем.

Ну а потом случилась война. «Все, что происходило в моей долгой жизни, тесно связано с событиями у нас в стране», – замечал он впоследствии в своих воспоминаниях.

16 июля 1941 года 25-летний Александр, получив рекомендацию комсомольской организации МЭИ, отправился на стадион «Динамо», где был зачислен в бригаду особого назначения НКВД, предназначенную для спецопераций (десант, диверсии и так далее). Так получилось, что бригада, где служил Шейндлин, была в основном сформирована из будущих историков литературы и философии – студентов ИФЛИ. Боевыми товарищами Александра Ефимовича стали будущие знаменитые поэты Юрий Левитанский и Семен Гудзенко. Служил с ним и молодой инженер Лазарь Паперник, постоянно сетовавший на то, что он не храбр, и посмертно удостоенный звания Героя Советского Союза за то, что подорвал себя гранатой вместе с врагами.