Однако в конце 1625 г. в результате ослабления иранского господства в Грузии, подорванного народным восстанием Георгия Саакадзе, турки возвращают себе Ахалцихе. За этот район в течение нескольких последующих лет происходила упорная борьба: в 1627 г. он был отвоёван у турок Аббасом I, в 1635 г. турецкие войска вновь занимают Ахалцихе, а также Ахалкалаки. В том же 1625 г. турки отторгли от Грузии Самцхе-Саатабаго, превратив его в турецкий пашалык. Турция вернула себе также Северную Месопотамию с Мосулом и Киркуком, но 9‐месячная осада Багдада (сентябрь 1625 – июль 1626 г.) успеха не имела. Потерпев вторую неудачу под Багдадом в 1630 г., турки сделали главным театром военных действий Западную Персию (разорив лежащий на востоке Персии Хорасан) и Закавказье. В 1638 г. турецкая армия во главе с султаном Мурадом IV взяла Багдад.

17 мая 1639 г. был подписан мирный Касре-Ширинский (Зохабский) договор, по которому между Турцией и Персией в основном подтверждалась граница, установленная договором от 1612 г.

Итак, Западная Армения вновь отходит к Турции, а Восточная Армения – к Персии. На протяжении долгого времени это положение не претерпело существенных изменений и в основном сохранялось до начала XIX в.

Западная Армения в соответствии с административным устройством Османской империи была разделена на эйалеты (пашалыки) – Эрзерумский, Карсский, Себастийский, Ванский и Диарбекирский. В Восточной Армении и Азербайджане были созданы ханства – Ереванское, Нахичеванское, Карабахское, Ширванское и др. Во главе этих административных единиц стояли паши (в Турции) и ханы (в Персии). Они назначались султаном, шахом и имели неограниченную власть.

«Попав под иго турецкой и персидской военно-феодальных деспотий, армянские народные массы подвергались как жестокому национально-религиозному гнёту и притеснениям, так и тяжёлой социально-классовой эксплуатации. Крестьяне отрабатывали кор и бегар (барщину), платили многочисленные тяжёлые налоги и подати чужеземным и местным угнетателям. Плодородные земли всё больше концентрировались в руках феодалов-землевладельцев, число неимущих увеличивалось.

Следствием социального гнёта были народные выступления против церкви, монастырей и землевладельцев-помещиков. К их числу принадлежит, в частности, движение в начале XVII века, возглавлявшееся монахом Мехлу. Этот монах-бунтарь призывал крестьян восстать и прекратить уплату налогов, разоблачал паразитизм духовенства, проповедовал имущественное равенство и т. п. Проповеди Мехлу, направленные против социальной несправедливости, нашли широкий отклик среди армянских и азербайджанских крестьян.

Не угасало и пламя освободительной борьбы. Армянские патриоты, будучи не в состоянии своими силами бороться с чужеземными захватчиками, посылали петиции римскому папе и европейским государствам, надеясь с их помощью освободить страну от ига ханов и пашей. Так, по решению состоявшегося в 1547 г. тайного совещания в Эчмиадзине, католикос Степанос Салмастеци отправился в Рим. В 1562 г. в городе Себастии (Западная Армения) состоялось новое совещание, после которого в Европу было отправлено специальное посольство во главе с Абгаром Евдокаци (Тохатеци). В 1672 г. в Париж прибыл купец из армянского города Битлиса (Западная Армения) Ходжа Мурад и подал письменное заявление королю Людовику XIV. Но эти обращения не дали никакого результата; и римский папа, и европейские короли проявили к ним полное безразличие. С XVII века с просьбами о помощи армяне обращались к усилившемуся Русскому государству»