Современники писали, что в Поволжье «едва ли не вся чернь устремилась на убийство и разграбление дворян». Пугачев прошел Пензу и двинулся на Саратов. За ним двигался громадный обоз с награбленным добром и принудительным гаремом. Пугачев легко взял деморализованный город и через день, в августе 1774 года, попытался войти в Царицын. В обоих городах он не забыл устроить резню, вешая не только дворян, но даже рабочих, бурлаков, всех, кто противился грабежам. По пятам за ним шел в авангарде правительственных войск отряд И.Михельсона, которого Пугачев боялся и тысячи его конников бежали впереди атамана-царя. В шестидесяти километрах от Царицына отчаянный Михельсон догнал Пугачева. Екатерине пришлось поторопиться с заключением мира с Турцией и послать на «Мужа» во главе десяти полков своих лучших полководцев П.Панина и А.Суворова. 26 августа небольшой авангард И.Михельсона разнес десятитысячное войско Пугачева с двадцатью четырьмя орудиями, пленил шесть тысяч человек и порубив еще две тысячи. Сам царь-атаман, как всегда бросил восставших и с двумя сотнями яицких казаков переправился на левый берег Волги. Через десять дней Пугачева захватили его соратники и выдали властям в Яицкий городок, которого он так и не разорил. Царская карьера тридцатилетнего донского казака продолжалась ровно один год. В оковах и в железной клетке его повезли в Москву, где после долгих допросов казнили 10 января 1775 года. К зиме 1775 года восстание было подавлено. Всех принимавших в колоссальном бунте крестьян перепороли, каждого трехсотого повесили, тела казненных разложили на дорожных перекрестках. Среди крестьянства стало распространяться сектантское учение о самоубийствах. Восстание подавили, но всеобщую ненависть крестьянства к дворянству уничтожить не удалось.

На допросах в Отдельной Секретной комиссии Емельян Пугачев дал подробные показания:

«Дворян и офицеров я убивал, большей частью, по представлению яицких казаков, а сам я столько жесток отнюдь не был. Не жалел тех, которые отягощали своих крестьян, или командиры подчиненных, а так же и тех без разбора казнил, если кто из крестьян доносили. Дальнего намерения, чтобы завладеть всем Российским царством, не имел, ибо не думали к правлению по неграмотности способен. А шел я на то, если удастся чем поживиться или убитым на войне быть.

За все время злодейства своего рассылал разные указы, но вообще для устроения, или обольщения народа.

Будучи заведен успехами и обстоятельствами, простирал далее свое злодейство. Угрызение сердечное его не покидало, и имел он намерение пасть с чистым расскаиванием перед милосердной Государыней и Самодержицей, звал для этого яицких казаков на Москву и говорил, если в Москве его не примет Государыня, так он сам в руки отдаться пожелает».

Екатерина II писала генералу П.Панину собственноручно:

«Капитан Галахов урода этого в Москву привез. Не могу удержать, чтобы сказать вам, что чувствительность моего сердца заставляет меня сделать, чтобы нигде суровая казнь места не имела, а прочие нигде, кроме крайности, не были употреблены. Это поручаю наипрележнейше недреманному вашему бдению».

Органом политического сыска при Екатерина II была Тайная экспедиция при Сенате, действовавшая с 1762 по 1801 год. Она находилась в Птербурге, в Москве также было ее отделение. Тайной экспедицией руководил генерал-прокурор Сената, его помощником и управляющим экспедицией являлся обер-секретарь. Многолетний руководитель Тайной экспедиции Степан Шешковский оберегал репутацию Екатерины II в общественном мнении. Императрица говорила, что Шешковский имеет особенный дар проводить следствие. Статский советник и обер-секретарь лично допрашивал Пугачева. Императрицу больше всего интересовало, сам ли казак задумал выступить в роли Петра III, или его на это подбили.