Великий шах персидский Хосров I занимал трон с 531 г. Из правителей династии Сасанидов он добился наибольшей славы, хотя вряд ли очень уж сильно стремился к ней – будучи сыном своего времени, он вел войны с Византийской империей, руководствуясь исключительно материальными интересами. В марте 540 г. шах пересек византийскую границу и в начале июня оказался перед Антиохией. Он вежливо отодвинул свою армию в сторону, чтобы позволить недавно прибывшему туда шеститысячному отряду, охваченному паникой, спастись бегством. Однако горожане дали персам бой и сражались решительно и отважно. Явный численный перевес позволил Хосрову в итоге одержать победу, а жители Антиохии дорого заплатили за свое мужественное сопротивление. Из главного собора города было вынесено все подчистую, другие церкви также подверглись разграблению. Помимо того персидские воины удовлетворяли и другие свои интересы – известно по меньшей мере о двух высокородных дамах, бросившихся в воды реки Оронт, чтобы избежать скандальных посягательств со стороны солдатни. Увозя на многочисленных телегах все богатства Антиохии, Хосров мог позволить себе проявить и некоторую щедрость – он предложил Византии мир в обмен на 5000 фунтов золота; в дальнейшем империи надлежало ежегодно выплачивать 500 фунтов. Юстиниан счел за благо принять эти условия.

Весной 542 г. империя пострадала от вспышки бубонной чумы – одной из самых страшных за всю историю Византии. Среди заболевших оказался и сам Юстиниан. В то кошмарное лето на протяжении нескольких недель он находился между жизнью и смертью – на это время верховная власть перешла в руки его жены. Феодора осознавала, что ее будущее поставлено на кон. Детей у них с Юстинианом не было, и если бы сейчас он умер, то у нее оставался единственный шанс удержать власть – пойти под венец со следующим императором. Поэтому преемником Юстиниана должен был стать придворный или военачальник. Однако традиционно выбор императора являлся прерогативой армии – большая же часть старших офицеров в данный момент находилась на Востоке. И на своем собрании в Месопотамии они решили не признавать никакого правителя, выбранного без их согласия. Известие об этом собрании достигло столицы, но уже после того, как Юстиниан пошел на поправку. Феодора, расценившая решение армейских офицеров как угрозу своему положению, воспользовалась тем, что жизнь императора была теперь вне опасности, и дала волю своей ярости.

Главными зачинщиками этого офицерского собрания посчитали двух военачальников. Одного из них, Бузеса, бросили в дворцовую подземную темницу, где он двадцать восемь месяцев не видел света божьего. Говорили, что, выйдя на свободу, Бузес более походил на привидение, чем на человека.

Вторым оказался Велисарий. Но он был слишком популярным и слишком влиятельным военачальником, чтобы с ним обошлись подобным же образом, поэтому его обвинили в том, что он присвоил военную добычу, которая по праву принадлежала императору. По возвращении в столицу после военной кампании 542 г. полководец обнаружил, что он отправлен в отставку. Вскоре оказалось конфисковано и его имущество, что было осуществлено на удивление просто – Феодора направила к Велисарию одного из своих слуг с указанием доставить все ценные вещи военачальника в императорский дворец.

Юстиниан полностью поправился лишь в 543 г. После этого Велисарию было частично возвращено былое расположение императорской четы. Примирение скрепили помолвкой Иоаннины, единственного ребенка Велисария и Антонины, с внуком императрицы Анастасием. Феодора сообщила в письме, что она простила Велисария ввиду своей дружбы с его женой, но для амнистии полководца имелась и другая причина: в отдаленных областях империи ситуация стремительно ухудшалась. Восстание мавров распространялось с ужасающей скоростью по провинции Африка; в Италии готы под водительством молодого вождя Тотилы также отвоевывали свои позиции и уже вернули себе Неаполь. В Армении в конце лета разразилась катастрофа: византийская армия, насчитывавшая около 30 000 человек, была уничтожена гораздо меньшим отрядом персов. Стало ясно, что без своего прежнего полководца империи не обойтись, и Велисарий был назначен командующим армией на Западе. Но тут выяснилось, что еще не все старые счеты были сведены. Не в ранге magister militum, но всего лишь в чине comes stabuli, комита конюшен, вернулся он в мае 544 г., на сороковом году жизни, в Италию, после того как покинул ее в 540 г.