К концу XIX в. обозначилась и новая тенденция. Дети священников, получив по необходимости образование в духовных семинариях, дело отцов наследовать часто вовсе не желали. Одни потеряли веру, другие были увлечены широкими возможностями, открывавшимися в предпринимательстве и на государственной службе. Митрополит Евлогий (Георгиевский) много лет спустя вспоминал, что в начале XX в. «духовные семинарии не давали достаточного числа кандидатов-священников. Во многих епархиях отмечался их недостаток, многие семинаристы, особенно в Сибири, не хотели принимать священнического сана. Благовещенская семинария за 10 лет не выпустила ни одного священника; религиозный энтузиазм в семинарии потух, молодежь устремлялась на гражданскую службу, на прииски, в промышленные предприятия». В результате на одного священнослужителя приходилось в начале ХХ в. более двух тысяч православных мирян. Даже принимая во внимание, что далеко не все они регулярно посещали церковь, необходимо признать недостаточную для серьезного пасторского попечения численность клириков в России.
Проблемы Православной Российской Церкви были не только материального характера. Большинство православных крестьян оставались неграмотными, не могли прочитать даже общеупотребительные молитвы, равно как не понимали значения церковных священнодействий. В своём знаменитом «Московском сборнике» Победоносцев признавал, что «русское духовенство мало и редко учит, лишь служит в церкви и исполняет требы. Для людей неграмотных Библия не существует, остается служба церковная и несколько молитв, которые, передаваясь от родителей к детям, служат единственным соединительным звеном между отдельным лицом и Церковью». Победоносцев констатировал далее, что в некоторых местностях народ вообще ничего не понимает в словах церковной службы и даже в «Отче наш» делает такие ошибки или пропуски, что у молитвы исчезает всякий смысл.
«Абсолютное большинство русских остаются примитивными людьми, едва перешагнувшими ступень природного инстинкта. Они по-прежнему рабы собственных импульсов. Христианство только частично овладело их душами: оно ни в коем случае не тронуло рассудка и в меньшей степени взывает к их сознанию, чем к их воображению и чувствам. Но также следует признать, что когда гнев мужика спадает, он сразу же вновь обретает христианскую кротость и смирение. Он рыдает над своими жертвами и заказывает панихиды для упокоения их душ…» – Морис Палеолог. Дневник посла. М., 2003. – С. 221.
Победоносцев считал, что, сохраняя эту «первобытную чистоту», народ, равно как и сельское духовенство, составляют сплоченный противовес верхним слоям общества, интеллигенции, уклонившейся от веры. Обер-прокурор был сторонником развития именно церковно-приходских, а не земских школ. Он видел в священнике воспитателя-консерватора. «Победоносцев продолжает свою „политику“, сущность которой состоит в том, чтобы духовенство не выделялось образованием и ученостью, а коснело бы в формализме и суеверии, дабы не отделяться от народа», – писал в дневнике близко знавший обер-прокурора генерал А. А. Киреев. «Русский народ несомненно религиозен, – замечал Киреев в 1906 г., – но когда он видит, что Церковь дает ему камень вместо хлеба, да требует от него формы ‹…›, читает непонятные простонародью молитвы, когда ему рассказывают про фантастические чудеса… он переходит или к другой вере, говорящей его сердцу, или делается снова зверем. Посмотрите, как христианская хрупкая, тоненькая оболочка легко спадает с наших мужиков