Константинополь в то время согласился на союз с католиками, и просить нового митрополита у греков, как это было всегда до того, в Москве не стали. Преодолев долгие колебания, в 1448 г. русские сами поставили себе митрополита на местном соборе епископов. Им стал Иона. Вскоре уния с Римом была отвергнута греками. В Константинополе, завоеванном в 1453 г. турецким султаном, патриарх Геннадий Схолирий подтвердил верность православным догматам. Греки и их сторонники на Руси ожидали, что русские вновь попросят константинопольского патриарха поставлять на Русь митрополита. Но Москва не попросила. И князь Василий и большинство епископов восточной части Руси теперь хотели полной церковной независимости от Константинопольской матери-церкви – самовозглавления (автокефалии). Греки не признали такое желание законным и отлучили Великое княжество Московское от церковного общения со Вселенской Церковью. Отлучение это лежало на Русской Церкви более столетия (1448–1561 гг.) и крайне смущало русских людей. Одни утверждали, что теперь безблагодатна Русская Церковь, другие – что Константинопольская. Сторонников Константинополя на Руси теперь строго наказывали. Так, знаменитый подвижник Пафнутий Боровский за отказ признать законным поставление митрополита Ионы «был им бит и закован в железа». А Константинопольского патриарха и Московский митрополит, и великий князь считали теперь «себе чюжа и отреченна». Река, которая текла из просвещенной Византии на Русь, была почти полностью перекрыта дамбой самовольной автокефалии.

В то же время литовские князья не желали видеть возглавителем своего православного народа митрополита, поставленного в Москве, и в результате единая русская митрополия разделилась надвое в 1458 г. Константинополь продолжал ставить митрополитов Киевских и всея Руси, а митрополитов Московских ставил собор восточнорусских епископов, поклявшихся в декабре 1459 г. по настоянию митрополита Ионы «быть неотступными от святой Церкви Московской». Именно тогда, при Василии II, Восточная Русь стала замыкаться в отгороженную от всего мира Московию, а ее духовная культура, столь ярко расцветшая в XIV – начале XV в., – деградировать в самоизоляции.

Княжение Василия II оказалось трагическим и неудачным. Почти четверть века продолжалась династическая война великого князя с его дядей Юрием Дмитриевичем и его сыновьями – Василием и Дмитрием. Народ очень страдал от этой княжеской междоусобицы – соперники разоряли города и села один другого и, занятые своей распрей, плохо защищали Русь от татарских набегов. Многие земли Северо-Восточной Руси были выжжены и разорены самими же русскими людьми, другие – татарами. Летописцев поражали жестокости князей друг к другу. Василий II ослепил своего двоюродного брата Василия Юрьевича, когда тот попал к нему в руки. В отместку, захватив великого князя «у Троицы», Дмитрий «вынул ему очи». Василий II стал прозываться «Темным».

Такого на Руси давно не было, но православные князья постепенно перенимали в отношениях между собой и со своими гражданами жестокие обычаи Орды и умирающей Византии. В 1445 г. Василия II взяли в плен татары и освободили за гигантский выкуп – 200 тысяч рублей, собранных со всех его подданных. Чтобы обеспечить сбор выкупа, Василий привел с собой на Русь татарские отряды и, по мнению современников, сам стал больше ордынцем, чем русским. Возмущение им было повсеместным. Авторитет княжеской власти упал в Московии очень низко.

При Василии II процветает ересь стригольников, хотя до XV в. еретические движения на Руси были малоизвестны. Еретики были возмущены церковной коррупцией (симонией), распространившейся в восточнорусских епархиях особенно после провозглашения автокефалии, и не желали иметь с епископами и священниками-мздоимцами общения в таинствах, а потому вообще переставали ходить в храмы. Разумные монахи и миряне, отвергая ересь, тоже были недовольны порядками в Церкви. Они ясно видели, как в умах многих русских людей православие начинает из богообщения превращаться в обрядоверие, имеющее с христианством не много общего, и старались продолжать традицию преп. Сергия на возрождение в первую очередь духовной жизни, а не внешнего благочиния. Монахи, чтобы чувствовать себя свободней и не соблазнять мирян богатствами, отказывались от излишних имуществ, от опеки со стороны княжеской власти, бескорыстно учили мирян «умному деланью», рекомендовали читать Священное Писание и творения отцов Церкви, продолжали переводить с греческого духовные книги.