19 мая 1606 г. на Красной площади толпой, без решения Земского собора был «выкрикнут» на царство боярский ставленник Василий Шуйский (1606–1610). Он дал боярам крестоцеловальную запись, содержавшую ряд ограничений царской власти. Василий Шуйский отменил казни без приговора Боярской думы, гонения на родственников осужденных, опалы и казни по доносам без следствия и т. п.

В 1606–1607 гг., не прерывавшиеся с конца XVI в. народные бунты, слились в мощное восстание, в котором приняли участие крестьяне, холопы, казаки и служилые дворяне. Оно приобрело форму гражданской войны и охватило половину территории Русского государства. Во главе его стоял беглый холоп Иван Исаевич Болотников. Восставшие распространяли в народе «прелестные письма» с призывами убивать и грабить представителей власти, землевладельцев и купцов. С большим трудом правительственным войскам удалось оттеснить восставших от Москвы, блокировать в Туле и добиться их сдачи 10 октября 1607 г.

Летом 1607 г. в г. Стародубе недалеко от Брянска объявился новый самозванец, который принял имя «царя Дмитрия», будто бы второй раз спасшегося от убийц – в Угличе и Москве. В январе 1608 г. Лжедмитрий II двинулся походом на Москву. Главную часть его войска составляли хорошо вооруженные отряды, непрерывным потоком шедшие из Польши. В его армию стекались также крестьяне, представители посадских низов, привлеченные щедро раздававшимися демагогическими обещаниями самозванца. В июне 1608 г. Лжедмитрий II пытался взять столицу штурмом, а после неудачи расположился лагерем в подмосковном селе Тушине, почему был прозван «тушинским вором». Осада Москвы длилась 21 месяц, но успеха не принесла. Самозванец при поддержке поляков создал в Тушине параллельные государственные структуры – Боярскую думу и приказы; Марина Мнишек «признала» в нем своего супруга.

Тем временем царь Василий Шуйский предпринимал дипломатические усилия для привлечения иностранной помощи к борьбе с самозванцем, а главное – для спасения своей власти от широко разлившегося по всей стране народного движения. В 1609 г. был заключен Выборгский договор со Швецией, по которому Россия в обмен на присылку шведских военных формирований отказывалась от претензий на Прибалтику и уступала Корелу. Однако, не оказав ощутимой помощи, шведы вскоре сами попытались отторгнуть Новгородскую землю и некоторые другие северные территории.

Речь Посполитая, находившаяся в состоянии войны со Швецией, воспользовалась Выборгским договором как поводом к открытой интервенции против России. Осенью 1609 г. Сигизмунд III осадил Смоленск. Тушинский «царь» полякам уже был не нужен, и король приказал находившимся в войске самозванца шляхтичам оставить его и присоединиться к основным польским силам под Смоленском. Брошенный на произвол судьбы своими хозяевами, Лжедмитрий II бежал в Калугу и 11 декабря 1610 г. был там убит. Бояре и дворяне, поддерживавшие второго самозванца, отправили под Смоленск посольство, целью которого было призвать на русский престол сына Сигизмунда III королевича Владислава.

Русским войском в Смоленске руководил племянник царя Василия князь М. В. Скопин-Шуйский. Он показал себя талантливым военачальником, добился ряда успехов, но 23 апреля 1610 г. неожиданно скончался при невыясненных обстоятельствах (возможно, был отравлен). Новый командующий – брат царя Василия князь Д. И. Шуйский не проявил военных дарований и 24 июня 1610 г. потерпел от поляков сокрушительное поражение при селе Клушине в 150 километрах от Москвы. Столица вновь осталась беззащитной.