В 1591 г. произошло трагическое событие в Угличе, где после смерти Ивана Грозного жил со своей матерью его младший сын царевич Дмитрий. В мае 1591 г. он погиб при неясных обстоятельствах. Одни уверяли, что ребенок страдал падучей болезнью (эпилепсией) и припадок произошел во время игры «в тычку». Другие считали, что наследника убили. В этом случае подозрения падали прежде всего на Бориса Годунова, поскольку Дмитрий был главным препятствием на его пути к власти. Правительственная комиссия во главе с боярином В. И. Шуйским, направленная в Углич, подтвердила трагическую случайность гибели царевича Дмитрия.

7 января 1598 г. скончался последний царь династии Рюриковичей Федор I Иванович. Конец династии Рюриковичей воскресил амбиции родовой аристократии, понесшей большие потери в царствование Ивана Грозного. Ситуация была благоприятной для боярского реванша и ограничения царской власти. В среде правящего слоя имелось немало сторонников «польского варианта» – превращения российской монархии в выборную. Этим намерениям противостояли стремления служилого дворянства и православной церкви, заинтересованных в сильной самодержавной власти и опиравшихся на широкую поддержку в других сословиях.

Созванный в 1598 г. Земский собор призвал на царство Бориса Годунова. С призванием Годунова в России воцарилась новая династия.

1 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство в Успенском соборе Московского кремля. Начало его царствования было исключительно благоприятным. В 1598 г. царь лично возглавил поход против крымского хана Казы-Гирея и сумел добиться успеха – вторжение крымцев было предотвращено.

В течение первого года царствования Бориса правительство не взимало податей, а в течение двух лет – пошлин с купцов. Царь проводил политику, направленную на укрепление положения служилого дворянства. Служилым людям выплатили двойное годовое жалованье. Закрепощение крестьян России было в основном завершено также в интересах средних и мелких землевладельцев. Из центральной России запрещен был выход крестьян. Крепостное право в широком смысле касалось не только крестьян, но и дворянства. Последнее также было закреплено на государственной и военной службе, и только службой оправдывались сословные дворянские привилегии. Если дворянин переставал служить, он лишался и своих преимуществ.

Царь Борис Федорович первым из российских государей повел борьбу с пьянством, закрывая «царевы кабаки». Он искоренял лихоимство, и разбои, проводил своего рода социальную политику – помогал нищим, миловал заключенных, возвращал из ссылок опальных. Борис Годунов отличался широтой взглядов. Понимая необходимость заимствования иностранного опыта, царь приглашал из-за границы ученых, мастеров, докторов и других специалистов. Чтобы облегчить им интеграцию в русскую жизнь, он проявлял веротерпимость и даже позволил лютеранам построить кирху в Москве. При царе существовала ливонская гвардия. Иностранные обычаи, в том числе бритье бороды, проникали ко двору.

Борис Годунов продолжал строительство городов (в его царствование были заложены Верхотурье, Томск и др.). Он заботился о просвещении, посылал юношей для обучения за границу, вынашивал планы создания университета и сети школ.

Первые сведения о «чудесном спасении» царевича Димитрия относятся к 1600 г. Царь Борис, видя измену и заговоры, заставил боярство вспомнить о временах Ивана Грозного. Так, разгрому подвергся род Романовых, которых царь, ввиду их родства с домом Рюриковичей, воспринимал как главных возможных соперников своей династии.