Правительство перестало быть препятствием для президентской власти.
Особенно после 2003 года, когда партия в поддержку Путина (сейчас она переименована в «Единую Россию») получила абсолютное большинство голосов, правительство перестало быть препятствием для президентской власти. Во всех странах законодательный надзор ослабевает, когда президент и правительственное большинство принадлежат к одной и той же партии. Но при Путине неофициальные препятствия для такого надзора были особенно заметны. Дума отказалась проводить расследования взрывов жилых домов 1999 года и проголосовала за то, чтобы опечатать все материалы, касающиеся инцидента в Рязани, на семьдесят пять лет. Тем не менее некоторые депутаты пытались вести самостоятельные расследования. Один умер, скорее всего, от отравления. Второго застрелили на улице.
Чтобы централизовать партийную систему, Путин уговорил Думу изменить правила голосования на ее выборах до системы простого пропорционального представительства. Ранее половина депутатов избиралась пропорционально по партийным спискам, в то время как другая половина баллотировалась в отдельных округах.
Некоторые депутаты, представляющие отдельные округа, показали нежелательную независимость. Уверенный в том, что всегда сможет подобрать под себя оппозиционных лидеров, Кремль предпочитал систему, например, закрытого списка пропорционального представительства, применяемую партийными лидерами. Чтобы маленькие партии держать в стороне, порог мест был увеличен с 5 % до 7 % голосов по стране.
Нервничая из-за оппозиции, власти ужесточили правила проведения уличных шествий и усложнили процедуру созыва национальных референдумов. При Путине демонстранты часто объединялись, их арестовывали. Партиям, находящимся в немилости у Кремля, было отказано в регистрации, а газеты предупредили, чтобы не делали о них никаких сообщений. «Если нет партии, – объяснил представитель правительства, – невозможно о ней ничего написать». Вместе с «Единой Россией» правительство установило дисциплину. Законодатели-новички партий были вызваны в Кремль, по словам одного из них, их отругал помощник Путина за то, что «они вели себя, как будто они избранные представители», и дал указание «просто голосовать, как сказали». Более затруднительные процедуры регистрации были введены для неправительственных организаций, а официальная Общественная палата, созданная для обсуждения социальных вопросов и представлявшая собой «гражданское общество», состояла из людей, придерживающихся умеренных взглядов.
Даже судебная система, которую Путин как юрист, казалось, так страстно начал реформировать, все сильнее подчинялась Кремлю. Процедура возбуждения уголовных дел в отношении судей упростилась. Хотя они и назначались пожизненно судейской коллегией, состоящей в основном из других судей, президент выбирал председателя каждого суда, который распределял дела между судьями, решал кадровые вопросы, влияя на продвижение по карьерной лестнице и мог возбуждать разбирательства по причине их увольнения. Такие назначения были проверены бывшим санкт-петербургским коллегой Путина Виктором Ивановым. В 2005 году двое судей обвинили главного судью Москвы, что он их уволил, потому что они сопротивлялись давлению подчиниться властям. В 2008 году первый заместитель председателя Высшего арбитражного суда заявила, что кремлевский чиновник сделал ее повторное назначение зависимым от изменений антиправительственного постановления. В одном отношении судьи действительно продолжали следовать предсказуемым правилам: они по-прежнему оправдывали только 1 % обвиняемых в уголовных преступлениях.