Вторая основная инициатива Путина касалась международных дел. Он начал улучшать отношения с Западом, которые охладились после бомбардировок Сербии и расширения НАТО на восток. Аннулировав решения своих военных советников, он закрыл базы в бухте Камрань, во Вьетнаме и Лурдесе на Кубе. Когда его спросили о НАТО, он поинтересовался, может ли Россия не присоединяться. И в знак глубокой солидарности, всеми замеченный, он был первым из мировых лидеров, кто позвонил президенту Бушу, после того как 11 сентября 2001 года нанесла удар «Аль-Каида». Буш в это время находился на борту самолета из соображений безопасности.

Однако самым главным проектом Путина, который определил его президентство, затмив и в конечном итоге подорвав положение других, стал проект по централизации власти. Даже когда Путин стремился либерализовать экономику и суды, он начал с концентрации власти в руках высших должностных лиц исполнительной власти и в первую очередь – в своих собственных. При Ельцине политическая власть из Кремля была отдана ряду других исполнителей – губернаторам, оппозиционным партиям, СМИ, крупному бизнесу, и каждый находил способ лоббирования собственных интересов и затруднял осуществление центральной политики. С одной стороны, это затруднило проведение экономической реформы и вызвало катастрофические взаимные блокировки, когда замаячил кризис. С другой стороны, конкуренция между различными интересами создала что-то типа плюрализма, хотя и недисциплинированного и зачастую коррумпированного. В ходе своей предвыборной кампании Путин обещал вновь восстановить порядок, при котором он собирался урезать власть этих исполнителей и обеспечить лояльность Кремлю.

Первыми на очереди были олигархи. Путин сказал избирателям, что «класс олигархов перестанет существовать». По его мнению, олигархи завладели наиболее ценными российскими компаниями в 1990-х годах, подкупив чиновников, запугав или избавившись от соперников и применив юридические лазейки. На кремлевском заседании с двадцатью одним ведущим бизнесменом через два месяца после инаугурации Путин установил новые правила. У ФСБ были документы, в которых подробно было описано, какие законы нарушил каждый магнат на пути из грязи в князи. Отныне они должны были выйти из политики и советоваться с Кремлем по поводу заключения крупных сделок. В противном случае ими займется прокуратура.

Три олигарха и несколько менее крупных магнатов не прислушались к предупреждению. Каждый проиграл битву и либо сбежал в добровольное изгнание, либо, как в случае с нефтяным миллиардером Михаилом Ходорковским, оказался в тюрьме. Других деятелей, таких как главу «Газпрома» Рема Вяхирева, вынудили уйти в отставку. Березовский, жалующийся на скуку после победы Путина, осел в Лондоне. Поддержав Путина и выступив против Примакова, он попал из огня да в полымя.

Ходорковский, который надеялся на финансирование развития независимого гражданского общества в России, решил не уходить. 25 октября 2003 года команда агентов ФСБ в бронежилетах и масках ворвалась в самолет магната, который заправлялся за пределами Новосибирска в Западной Сибири, и арестовала его. В течение следующих двух лет он и его коллега Платон Лебедев были осуждены и признаны виновными за уклонение от уплаты налогов и мошенничество. Их приговорили к девяти годам лишения свободы, позже срок сократили до восьми лет отбывания в сибирском исправительно-трудовом лагере. Между тем нефтяная компания Ходорковского ЮКОС, имевшая репутацию компании, обходившей закон и в 1990-х годах ставшей моделью корпоративной прозрачности, была раздроблена, а ее основные активы быстро и дешево продали через подставную компанию государственной компании «Роснефть», которая к 2007 году с шестого места среди крупнейших по величине производителей нефти в стране перепрыгнула на первое. Летом 2004 года давний помощник Путина Игорь Сечин был назначен председателем совета директоров компании «Роснефть». Судебные разбирательства по поводу вынесения приговора Ходорковскому и банкротства ЮКОСа из-за налоговых задолженностей были омрачены столькими ошибками и процессуальными нарушениями, в том числе преследованием и привлечением к ответственности адвокатов Ходорковского, что состояние российской судебной системы стало международным скандалом.