Хотя Хюррем Султан занимала в жизни Сулеймана совершенно недосягаемое для других место, она ревновала его к Ибрагим-паше, поскольку тот был в близких отношениях с наложницей Махидевран, матерью старшего сына Сулеймана, Мустафы. Когда Хюррем узурпировала то место, которое занимала Махидевран, положение Мустафы, который был явным наследником престола, изменилось в пользу сыновей Хюррем. Заключение брака между Сулейманом и Хюррем окончательно решило судьбы Махидевран и Мустафы, и у Хюррем остался только один соперник – Ибрагим. Ее подозревают в причастности к принятию решения о казни Ибрагима, и в пользу этих подозрений приводятся убедительные косвенные доказательства.

Победа османской армии над войсками Сафавидов при Багдаде и победа османского флота над флотом Священной лиги при Превезе, перемирие с португальцами после военной кампании в Диу и аннексия значительной части Венгрии – все это обеспечило лишь временный перерыв в военных действиях. Не прошло и нескольких лет, как активные действия на всех фронтах возобновились. В 1542 году Габсбург предпринял атаку на Пешт, находившийся на другой стороне Дуная, напротив Буды, но она была отражена местными турецкими силами, а в следующем году Сулейман снова выступил в поход на запад и взял несколько стратегически важных крепостей, которые затем вошли в состав провинции Буда. Успехи османской армии заставили Фердинанда просить мира, и в 1547 году великий визирь Рустем-паша (который в 1539 году женился на дочери Сулеймана, принцессе Михримах) заключил с австрийцами пятилетнее перемирие. Хотя Фердинанд все еще удерживал самые северные и западные районы бывшего Венгерского королевства, перемирие накладывало на него унизительное обязательство платить султану ежегодную дань.

В течение некоторого времени перемирие 1547 года оставалось в силе, но благодаря интригам фактического правителя Трансильвании, епископа Мартинуцци, эта область была передана Фердинанду, который таким образом присоединил к своим владениям значительную часть средневекового Венгерского королевства. Возмездие Османской империи не заставило себя долго ждать. Губернатор Румелии, Соколлу Мехмед-паша, со своими войсками вошел в Трансильванию, чтобы взять в осаду столицу этой области, Тимишоару. По пути он взял несколько важных крепостей. Прибытие подкреплений и окончание благоприятного для военных действий времени года на некоторое время спасли город, но в 1552 году он пал и стал центром новой османской провинции Темешвар, включавшей в себя западную часть Трансильвании. В том же году турки, несмотря на яростный штурм, не смогли взять находившуюся северо-восточнее Буды крепость Эгер, но другие крепости, которые они заполучили, надолго укрепили их владычество в этом регионе. Теперь две провинции (Буда и Темешвар) находились под прямым управлением Османской империи, и впервые Османская Венгрия стала компактным территориальным образованием, защищенным непрерывной цепью крепостей, некоторые из которых были недавно построены, но большинство было захвачено у венгров.

Чтобы осуществлять свое правление в Венгрии, и Габсбурги и османы вынуждены были идти на компромиссы. Поскольку ни одна из этих двух империй не могла только своими силами аннексировать, управлять и защищать Венгрию, им приходилось полагаться на венгерских дворян, уцелевших после разгрома при Мохаче. В эпоху Реформации многие из этих дворян стали протестантами, и если Фердинанд и его правительство желали возложить на них часть обязанностей по защите страны от нападений турок, то в обращении с ними они должны были проявлять осмотрительность. Турки сумели использовать в своих целях раскол между католиками и протестантами, как раньше они сумели использовать раскол между католиками и православными, но, как и Габсбурги, они были вынуждены прибегать к помощи все еще могущественных дворян, которые продолжали выполнять многие из повседневных функций управления Османской Венгрией, как они это делали в «Королевской Венгрии».