Насильственная смерть Мустафы не положила конец неурядицам в семье Сулеймана, поскольку, как это уже случалось прежде, вместо него появился самозванец, «Лже»-Мустафа, который возглавил мятеж на Балканах. В своем датированном июлем 1556 года письме из Стамбула посол Фердинанда, барон Огиер Гизлен де Бус-бек (принимавший участие в длительных переговорах о мире в Венгрии) сообщал о том, что сын Сулеймана и Хюррем, ее любимец, принц Баязид, подозревается в том, что он спровоцировал этот мятеж. «Лже»-Мустафа и его сторонники были схвачены и доставлены в Стамбул, где их, по указанию султана, предали смерти. Хюррем Султан удалось предотвратить последствия предполагаемой причастности Баязида, но в 1558 году она умерла. Без ее сдерживающего влияния разразился открытый конфликт между Баязидом и оставшимся у него братом, Селимом.
Явно опасаясь переворота, Сулейман отправил Баязида и Селима руководить удаленными от столицы провинциями. Селима перевели из Манисы в Конью, подальше от Стамбула. Баязида, занимавшего пост военного начальника Эдирне, перевели в Амасью, где до него служил принц Мустафа. Он стал последним принцем-губернатором, назначенным на службу в этой провинции, так как в конце XVI столетия была приостановлена практика передачи будущему султану опыта царствования посредством управления провинцией. Баязид понимал, что уже началась борьба за трон Сулеймана, и по дороге в расположенную на севере Малой Азии Амасью он привлек на свою сторону целую армию недовольных (всадников из провинций, подразделения нерегулярных войск, а также кочевников юго-восточной Малой Азии) общей численностью в несколько тысяч человек, многие из которых были сторонниками его брата Мустафы.
Опасаясь того, что Баязид может привлечь на помощь Иран, Сулейман стремился получить фетву (правовую оценку), которая давала законную возможность убить сына, и приказал губернаторам малоазиатских провинций мобилизовать свои войска и оказать поддержку Селиму. Он обещал значительное повышение жалования и быстрое продвижение по службе любому, кто будет завербован в армию. Армии противоборствующих сторон сошлись неподалеку от Коньи, причем войска Селима имели численное превосходство и были лучше вооружены. На второй день Баязид бежал с поля битвы в направлении Амасьи, где он еще мог рассчитывать на поддержку.
Несмотря на мирный договор, заключенный с султаном в 1555 году, шах Тахмасп предложил ему убежище в Иране. Услышав об этом, Сулейман направил губернаторам пограничных провинций приказ взять Баязида под стражу, но чтобы добиться от них сотрудничества, ему снова пришлось использовать побуждающий стимул. В июле 1559 года Баязид и четыре его сына бежали на восток, в Иран. До последнего он надеялся получить прощение, но Сулейман остался равнодушен к его мольбам. В отчаянии Баязид обратился к великому визирю Рустем-паше:
Именем Всевышнего великого и милостивого, клянусь, что я с самого начала взял на себя обязательства и присягнул Его Превосходительству, прославленному и удачливому падишаху, который является защитником государства, что я не буду поднимать мятежей, оказывать противодействие, причинять вред и разорение его государству; я уже раскаялся и от всего своего сердца попросил у Всевышнего прощения, признавая свое преступление, совершенное в приступе злобной ярости; я неоднократно направлял покаянные письма, в которых просил прощения и благоволения, а потом брал на себя обязательство и давал клятву не противиться благородной воле.
Предоставление убежища Баязиду при дворе Тахмаспа казалось шаху подходящим способом отомстить Сулейману за то, что в 1547 году он использовал против него брата, Алкаса Мирзу. Селим принимал непосредственное участие в попытках вернуть Баязида, и в течение следующих трех лет семь османских делегаций совершили поездки ко двору Сафавидов, чтобы убедить Тахмаспа отказаться от принца. В 1562 году он наконец уступил, согласившись обменять Баязида и его сыновей на большое количество золотых монет и роскошных подарков, из которых великолепно украшенные клинок, кинжал и пояс, а также гнедая лошадь и пять арабских жеребцов ему должны были вручить после того, как Селим получит известие о том, что Баязид и его сыновья переданы под опеку его посланников. Но прежде чем это случилось, они были убиты в столице Тахмаспа, Казвине, доверенным лицом Селима, и посланникам были переданы их тела. В отличие от старшего брата Мехмеда, которому хотя бы после смерти была оказана благосклонность, мятежник Баязид и его сыновья были похоронены за стенами провинциального малоазиатского города Сивас.