Наказания за небрежность и невыполнение княжеских указов цели не достигали, и требовалась коренная ломка установившимся порядкам. Внешняя обстановка требовала усилий Москвы для защиты границ от нападений со всех сторон окружавших ее азиатских орд, остатков распавшейся Золотой Орды. Страна в течение полустолетия была независима от иноземной власти. Заложены были основы внутреннего управления, устройства вооруженных сил и сношений с внешним миром. Управление боярства во время малолетства царя хотя и приостановило развитие государственных сил, но возможности эти не исчезли и должны были в более благоприятных условиях развиваться и быть использованными для дальнейшего внутреннего и внешнего развития страны.

В 1550 году царем был созван Собор духовных и светских лиц. Собором был исправлен существовавший Судебник, получивший название Царского Судебника, которым менялась система управления на местах. Все наместники и волостители, сидевшие в судах, и корм-ленщики на воеводствах заменялись выборными от народа старостами и целовальниками, то есть присяжными. Новые постановления уничтожали посредников, и местные представители страны ставились в непосредственное общение с царем, несли ответственность перед центральной властью, распределяли местные налоги и повинности по решению на местах. За то, что земские люди освобождены были от кормленщиков и наместников, то пошлины, платившиеся им, должны были вносить в казну государеву. Таким образом, на местах административная, судебная и хозяйственная часть были переданы выборным старостам, и пошлины с народа поступали в казну государя. От правительства на местах сидели только воеводы, под начальством которых находились местные войска, на обязанности которых лежала ответственность за сбор, вооружение и обучение местных нарядов войск. При них были поставлены «городовые приказщики», заведовавшие казенным имуществом в городах.

Наряду с широкими земскими реформами была проведена основная реформа по устройству войск и служилого класса, то есть отбора и подготовки командного состава. Из числа боярских детей и дворян была избрана тысяча лучших и из них был создан полк «московских дворян» в отличие от «городовых». Им были отведены земли под Москвой. Из состава лиц этого полка назначался высший командный состав, начальники Приказов, наместники и волостители, во время войны воеводы, стрелецких и казачьих полков головы. Были проведены реформы внутренней организации всех войск. Части «городовых» дворян были разделены по статьям, т. е. по служебной годности, и им был установлен земельный оклад. С каждых пятидесяти десятин должен был являться на службу один человек конным и вооруженным.

Был произведен пересмотр и уравнен размер земельных поместий с тем, чтобы государственные земли были справедливо распределены между помещиками, и иногда к земельным наделам давалось и денежное жалованье. Части «городовых» дворян были разделены на сотни и вместо названий по городам их размещения получили общевойсковое наименование. Коренные реформы были произведены и в основных войсковых частях. В 1550 году был организован из 3 тысяч отряд отборных стрельцов. Затем это отборное войско было пополнено другими стрелецкими войсками, которое, по московским записям, характеризовалось так: «И еще огневых стрельцов много прибыви, ратному делу гораздо изученных и глав своих не щадящих, и в нужное время отцы и матерей, жен и детей забывающих и смерти не боящихся». Из отборных стрельцов был сформирован «стременной» полк в 5000 человек. Другие части стрелецких полков составили городские полки и оставлены были в городах, на содержании которых находились. Было издано уложение войск «вотчинников», боярских детей и дворян. Отводившиеся им земли становились наследственными, и они обязывались несением постоянной службы царю.