После смерти княгини Елены, которая, по сведениям летописцев, была отравлена, правление страной захватили два брата Шуйские. Они свергли Овчину-Телепнева и начали расправу с другими влиятельными лицами, в том числе и митрополитом. Расправа с приближенными 7-летнего царя производилась на его глазах, не считаясь с его просьбой и заступничеством. Шуйские вели себя бесцеремонно во дворце и даже в палатах царя. Детство царя проходило в полном к нему пренебрежении со стороны окружавшего его боярства. По словам царя, он и его брат росли, как «самые убогие дети». Им не всегда давали достаточно питания. Заботами и вниманием царь пользовался только со стороны митрополита Макария, бывшего новгородского епископа, занявшего кафедру митрополита после смены боярами его предшественников, Даниила и Иосафа. Митрополит был единственный человек среди окружения, со стороны которого царь пользовался вниманием и заботами которого получил хорошее по своему времени образование. Он изучил несколько языков, знал латинский и греческий и мог на этих языках вести богословские споры. Хорошо было изучено государственное право и значение царской власти, а также и понятие о Москве, как о Третьем Риме, и о превращении Московского княжества в великое православное царство. Митрополит обладал большой библиотекой и приучил Иоанна к чтению. Мальчик имел живой и любознательный ум, под влиянием наставлений митрополита и чтения быстро развивался и рано начал проявлять характер.

По заключению историков, под влиянием окружавшей его грубости бояр, их ссор в мальчике развивался озлобленный, лукавый и жестокий характер. Достигнув тринадцатилетнего возраста и будучи выведенным из терпения дерзостью князя Андрея Шуйского, он приказал псарям схватить его и отдать на растерзание псам. Брат Андрея и другие были сосланы в разные места в ссылку. «С тех пор, – пишет летописец, – начали бояре от государя страх иметь». Пользуясь смутами московского двора, Литва повела наступление на московские владения. В 1534 году литовский гетман Радзивилл вторгся вместе с татарами и опустошил окрестности Чернигова, Новгород-Северска, Стародуба, Брянска и др. Крымский хан захватил Астрахань, разорил город до основания и объявил себя законным владетелем ногайской орды. Хан требовал, чтобы царь платил, как польский король, 15 тысяч золотых дани ежегодно. В сражении с Литвой московские войска потерпели полное поражение, потеряв всю армию убитыми и пленными.

Престиж Москвы повсюду падал. Московские владения стали подвергаться более дерзким и частым нападениям, а их послы при дворе крымского хана – насилиям. Известно, что посол Челищев, прибывший в Крым с извещением о смерти князя Василия, чтобы избежать со стороны татар насилий, держал при себе казаков. Несмотря на охрану, посол и сопровождавшие его казаки подверглись унижениям, татары грозили отправить их в Турцию и продать в неволю. К счастью Москвы, в Крыму началась междоусобица между братьями за ханский престол. Москва решила использовать это и оказать поддержку одному из враждующих братьев. Но победителем вышел другой брат, и враждебная ханская власть образовалась не только в Крыму, но и в Казани. В том же году был убит сторонник Москвы казанский хан Енадей, и власть в Казани была захвачена ставленником Крыма Сафа-Гиреем. Таким образом, московские владения ставились в окружение враждебных соседей с запада, юга и востока. Связь донских казаков с Москвой во время боярского правления не прекращалась. Они продолжали сопровождать послов между Москвой и Крымом и поддерживали церковную связь с епископом своей епархии Крутицким.