С развитием вооруженных сил Московского государства развивались и административные учреждения, возникли Иноземный, Посольский, Стрелецкий и другие приказы, ведавшие различными отделами государства. В Стрелецком приказе находились дела, касавшиеся стрелецких войск и войск боярских детей; в Посольском были дела, касавшиеся казачьих войск.

Такова была роль казаков в организации «постоянных» войск Московского государства, содействовавших его мощи, опираясь на которые Русь, выйдя из-под татарского ига, быстро превращалась в сильное, независимое царство. По всей стране были установлены, по образцу Золотой Орды, ямщицкие линии, которые Иоанн III завещал поддерживать своему сыну.

На юго-восточных границах Московского государства расположились поселения «независимых» казаков, устроившихся на своих прежних местах и начинавших новую жизнь и новую историю.

Итак, казачество сумело сохраниться при крушении Великой Империи монгол. Оно вступало в новую эпоху, не предполагая, какую значительную роль предстоит им сыграть в будущей истории Московского государства.

Царь Иоанн III умер в 1505 году и трон московского царства занял его сын Василий III.

Казаки, уйдя с границ Рязанского и других русских княжеств и устроившись на своих прежних местах, в пределах Хопра и Медведицы, стали очищать земли от ногайских орд, кочевавших между Волгой и Доном до устья Хопра. Части ногайской орды, кочевавшие в этих местах, быстро были оттеснены в низовья Волги, ища спасения в переправе на восточный ее берег, но астраханский хан преградил им путь и не позволил переправу этим наиболее диким ордам в пределы своих владений. Стиснутые с двух сторон, ногайцы были частью уничтожены, оставшиеся бежали в пределы Северного Кавказа. Пределы «Червленого Яра» и среднее течение Дона казаками были очищены от кочевников, и части «верхового казачества» зорко стали охранять эти земли от кочевников Астраханского ханства и Большой ногайской орды, кочевавшей в восточной стороне низовьев Волги, на землях, соприкасавшихся с владениями астраханского хана, не признавая его власти.

Низовые казаки, вытесненные из Азова и Таврии, тоже укреплялись на занятых ими землях и, чтобы обеспечить свое существование, вели войну против Крымского ханства и Турции, гарнизонами которой был занят Азов, откуда велось военное руководство и организация походов против московских владений и казачьих городков; опасным соседом для казаков были и части Малой ногайской орды, кочевавшие в пределах Северного Кавказа, между Азовским и Каспийским морями.

В первой половине XVI века «верховые» и «низовые» казаки не были объединены под властью одного атамана и имели каждая своего. Препятствием объединению в то время были их ближайшие цели по укреплению своих земель, требовавшие усилий в разных направлениях. Военные усилия «верховых» казаков направлялись в сторону низовьев Волги, против Астрахани и Большой ногайской орды; «низовое» – главные усилия направляло в сторону Азова и Крыма, где находилась для них главная угроза, и, кроме того, казаки не покидали надежды занять покинутый ими свой прежний культурный центр – Азов, превращенный теперь в турецкую крепость.

Связь казаков с Москвой не прерывалась. Они в церковном отношении подчинялись епископу сарско-подонскому, перенесшему свою кафедру в Москву, откуда они получали все церковные книги и где назначалось для их церквей духовенство. Москва, с своей стороны, нуждалась в помощи казаков и поддерживала с ними сношения. Кроме того, Москву связывали с казачьими поселениями общие цели – борьба с азиатскими ордами и защита от их нападений. Задачей казаков было защитить и отстоять занимаемые ими земли от нападений окружающих их орд, задача Москвы состояла в том, чтобы обеспечить границы своих владений от тех же азиатских орд. Казаки нуждались в материальной помощи Москвы, Москва – в военной помощи казаков. Эти общие цели служили той связью, которая ни при каких обстоятельствах между Москвой и донскими казаками не прерывалась. Общая цель – борьба с азиатскими ордами – велась различно. Казаки вели активную борьбу против Крыма и Астрахани, все время нападая на противника, – Москва вела против них войну оборонительного характера. Исключение составила только Казань. Безопасности границ Москва старалась достигнуть путем мирных переговоров. Выходя на путь самостоятельного государства, Москва устанавливала дипломатические связи с соседями, в том числе с Турцией и Крымом, хотя эти переговоры сводились в большинстве случаев к тому, какую денежную сумму Москва должна была уплачивать ежегодно Крыму, чтобы ее орды не нападали на московские владения. Нападения казаков сдерживали крымские орды от походов на московские земли, но вызывали страх и недовольство Москвы, что часто приводило к размолвкам с Доном.