Когда Жан де Бребёф, Жером Лальман и другие священники и монахи овладели языком гуронов и стали изучать их общественное устройство, они дали много ярких описаний этого племени. Однако, несмотря на то что миссионеры адаптировались ко многим сторонам жизни гуронов и приобрели глубокие познания их обычаев и верований, иезуиты оставались неспособными обратить в христианство своих хозяев, а некоторые индейцы проявляли к присутствию чужеземцев неприкрытую враждебность. Те аборигены, кто сопротивлялся иезуитам сильнее остальных, обосновывали это весомыми аргументами. Миссионеры не только стремились подорвать сами основы гуронского общества, но и сеяли смерть повсюду, где только ни появлялись. Перемещаясь с места на место, миссионеры и их помощники невольно распространяли новые болезни, к которым у аборигенов никогда не было никакого иммунитета. В 1630-х гг. оспа и корь опустошили союзные индейские племена и тысячи людей умерли. К 1640-м гг. численность гуронов, а также многих их союзников-туземцев сократилась вдвое. Несмотря на это, иезуиты продолжали жить среди гуронов, ухаживая за больными, молясь за умерших и проповедуя свое учение. Получая значительную поддержку как от французской Короны, так и от властей Новой Франции, иезуиты смогли превратить свое присутствие среди гуронов в одно из условий сохранения франко-гуронского альянса. В 1630–1640-х гг. гуроны по-прежнему накапливали шкурки бобров (в основном покупая их у других индейских племен) и доставляли их в Квебек. По мере сокращения численности гуронов эта торговля, как и основанный на ней военный союз, оставались для них столь важны, что гуроны продолжали терпеть присутствие у себя иезуитов, несмотря на враждебность, которую испытывали к ним многие аборигены.

Война с ирокезами 1609–1615 гг., в которой довелось участвовать Самюэлю де Шамплену, закончилась вооруженным перемирием. Однако начавшиеся в 1640-е гг. новые Ирокезские войны, которые остаются в числе наиболее кровавых из тех, что вообще велись в Канаде, уничтожили альянсы между индейскими племенами, определявшие существование Новой Франции с 1608 г. Соперничество между туземными племенами имело долгую предысторию. Но создание альянсов с европейцами, появление европейских товаров и европейского огнестрельного оружия сильно повысили ставки. Отныне каждое племя видело в своих противниках угрозу собственному существованию и препятствие на пути к своему процветанию и престижу. В результате могущественная Ирокезская конфедерация – Лига пяти племен отправила своих воинов, теперь уже знакомых с европейским огнестрельным оружием, в походы, которые являлись крупными и поразительно успешными боевыми операциями. В 1645–1655 гг. ирокезы уничтожили всех своих соперников из родственных им племен. За десять лет были полностью истреблены гуроны, петуны, нейтральные120 и эри, при том что каждое из этих племен насчитывало не менее 10 тыс. человек и представляло грозную силу во время прежних войн и стычек. В результате этих конфликтов под вопросом оказалось само существование французского сообщества в долине реки Св. Лаврентия.

В 1648 г. ирокезы захватили саму Гуронию. Под их натиском среди гуронов, уже ослабленных ужасными потерями от болезней, разгорелись внутренние противоречия. Некоторые из них видели в католицизме, миссионерах и союзе с французами единственную надежду на выживание племени, и впервые многие из них приняли крещение. Другие упрекали французов в том, что те несли ответственность за эпидемии и раздоры среди гуронов. Неспособные организовать эффективную оборону гуроны в 1648–1649 гг. были разгромлены. Преподобный Антуан Даниэль погиб во время атаки; Жан де Бребёф и племянник Жерома Лальмана Габриэль приняли ужасную смерть под пыткой, что было обычным ирокезским приемом ведения войны. Священники стяжали мученичество, которого они добивались, но самая важная миссионерская инициатива иезуитов в Канаде потерпела крах. Одна маленькая группка изгнанников основала общину гуронов-католиков в Лоретте близ Квебека. Но когда-то могучая Конфедерация гуронов прекратила свое существование, ее народ вымер, рассеялся среди союзных племен или растворился внутри победивших его ирокезских племен. Воины Лиги пяти племен начали атаковать других своих соперников. Новая Франция, где одинаково бедствовали миссионеры и коммерческие альянсы, могла быть лишь беспомощным наблюдателем уничтожения Ирокезской конфедерацией одного племени за другим. В конце концов французские колонисты напрямую ощутили мощь ирокезских сил, когда после разгрома туземных племен они напали на французов-поселенцев в долине реки Св. Лаврентия.