Тем не менее кроме коммерции появился другой мотив колонизации. Среди создателей Квебека протестантов было не меньше, чем католиков, и в течение первых семи лет колония вообще обходилась без священников. Однако во Франции по мере заселения новой колонии возник ажиотаж среди католиков, стремившихся приобщить к своей вере все недавно открытые земли, в том числе и Канаду. Прибывавших в Новую Францию миссионеров первоначально не интересовали духовные потребности немногочисленных торговцев и фермеров. Их привлекала возможность обращения в католичество аборигенов Северной Америки. Первые священники, приехавшие в колонию в 1615 г., были амбициозными реколлетами. Они почти сразу отправились в «большое путешествие» («le grand voyage») на каноэ по реке Оттава на земли гуронов. Та же цель вдохновляла иезуитов, прибывших в Канаду в 1625 г. Отчеты об их миссионерской деятельности – ежегодно публикуемые «донесения (реляции) иезуитов» – вскоре стали важным инструментом популяризации колонии среди состоятельной и образованной части общества во Франции.

Религиозный импульс, а не деятельность КСУ или торговля пушниной привел в 1642 г. к основанию Монреаля. Оно стало следствием действий группы французских религиозных мистиков, охваченных идеей создать в дебрях Канады город миссионеров. Руководил ими благочестивый военный Поль де Шомде де Мезоннев, а вдохновляла их энергичная и благочестивая мирянка Жанна Манс. Они собирались обратить индейские племена в католичество, убедив их поселиться вместе с французами и фактически стать ими, одеваясь, работая и думая, как французы. Однако аборигены в большинстве своем остались равнодушными к этой идее. Несмотря на идеализм и мужество многих основателей Монреаля, в 1650-е гг. миссионерское сообщество распалось, погрязнув в долгах и разочаровавшись в результатах своей деятельности. К этому времени потребности поселенцев и коммерция стали превращаться для Монреаля в raison d‘е́tre119.

Иезуиты избрали иную миссионерскую стратегию. Они предпочитали сами жить среди аборигенов, изучая их языки и общественное устройство, с тем чтобы более успешно обращать их в христианство. Иезуиты отправились ко всем дружественным французам племенам, но основное внимание сконцентрировали на гуронах как на самом большом, наиболее оседлом, организованном и влиятельном племени внутри «французского альянса». В 1634 г. преподобный Жан де Бребёф привел на территорию гуронов трех миссионеров, и через несколько лет иезуитская община там состояла из самих миссионеров их помощников, слуг и солдат – всего более пятидесяти французов. В 1639 г. преподобный Жером Лальман приступил к строительству укрепленной миссии Сен-Мари неподалеку от побережья залива Джорджиан-Бей. В этой миссии имелись часовня, больница, хлева для скота, дома для французов и для обращенных ими гуронов, и эта миссия представлялась и самим иезуитам, и их помощникам частицей Европы в самом центре страны туземцев.

В Новой Франции иезуиты оказались перед исключительно серьезным вызовом. Образованные люди, знатоки теологии и других наук, они столкнулись с тяжелыми физическими трудностями жизни в дикой местности, населенной варварами. Не менее обескураживающим представлялся им и образ жизни гуронов. Система воспитания детей, вступление в брак и похоронные обряды – все традиционные обычаи гуронов – казались миссионерам либо устрашающими, либо непонятными. Не могли вдохновить их и немногочисленные успехи их деятельности, так как, несмотря на активную миссионерскую работу, начавшуюся в 1615 г., к концу 1630-х гг. фактически ни один гурон не принял христианства по своей воле. Миссионеры тем не менее старались. Для некоторых из них те усилия, которые они предпринимали, чтобы понять индейцев, не утрачивая при этом своей веры, стали их личным интеллектуальным долгом. Однако более всего их поддерживал собственный глубокий религиозный пыл. Воспринимая все как Божью волю, они стремились смиренно принимать выпадавшие им трудности и говорили друг другу, что мученичество было бы знаком благоволения Господа. Их готовность к мученическому концу – а часто и жажда его – была проявлением глубокой и искренней духовности миссионеров, но это также предопределялось реальностью их жизненной ситуации. Так же как Самюэль де Шамплен и торговцы мехами, миссионеры становились жертвами жестоких войн, опустошительных эпидемий и всего того отвратительного насилия, которое возникает при столкновении одной цивилизации с другой. Лишь немногие из миссионеров избежали такой судьбы.