Боярская дума, выросшая из княжеского совета, по-прежнему оставалась важным органом власти и управления. Это был постоянно действующий орган власти. В ее состав входили думные чины: «введенные» бояре и окольничьи. Великий князь юридически не был обязан считаться с мнением Думы, но фактически ни одно его решение без одобрения Думы не проводилось в жизнь. Таким образом, боярство осуществляло выгодную ему политику. Господство крупных феодалов было характерной особенностью раннефеодальной монархии. Продолжали созываться феодальные съезды. Еще действовала дворцово-вотчинная система управления, но уже зарождалось новое централизованное приказное управление, которое окончательно сформировалось во второй половине XVI в. Приказная система делилась на две части. Одну составляло дворцовое управление, другую – специальные общегосударственные приказы. В первую входили приказы Большого дворца: Казенный, Конюшенный, Постельничий, Ловчий, Сокольничий, а во вторую – Посольский, Поместный, Разбойный, Пушкарский, Челобитный, Земский, Холопий и др. Наряду с отраслевыми приказами стали появляться территориальные, ведавшие делами отдельных регионов. Возглавляли приказы назначаемые царем судьи из членов Боярской думы (боярин, окольничий, думные дворяне и дьяки). В каждом приказе имелся обслуживающий персонал (приставы, толмачи, писцы).

Из состава дворцовой службы выделилась великокняжеская казна, была создана дворцовая канцелярия с архивом.

Перерастание дворцово-вотчинной системы в приказную явилось одним из показателей централизации Русского государства. Приказы стали монопольными органами центра, совмещавшими административные и судебные функции. Они регистрировали и рассылали царские указы и постановления Боярской думы, чинили суд, фиксировали акты купли-продажи земли и различных сделок и т. д.

Административными единицами территориального деления были уезды. Основной хозяйственной единицей оставались волости. Уезды возглавляли наместники, волости – волостели. Назначение на эти должности называлось княжеским пожалованием. Оплата труда должностных лиц шла по системе «кормления», т. е. взимания с населения натуральных продуктов и денежных сумм, судебных и других пошлин. В уставных грамотах каждого уезда определялись размеры «кормов». Существовало несколько видов кормлений: выездные, праздничные, свадебные. Пошлины подразделялись на торговую и «роговую». За судебные действия наместники и волостели получали пошлину, в их пользу конфисковывалось имущество осужденных за тяжкие преступления и «дикая вира». В своей деятельности волостели и наместники опирались на штат чиновников (тиунов и доводчиков). За контролем над деятельностью наместников и волостелей были созданы губные избы. В их функции входило преследование взяточников, наблюдение за подозрительными личностями, разбирательство дел о душегубстве, о татьбе с поличным, о поджоге, изнасиловании, о совращении из православия. В ведении губных властей находились и тюрьмы. Практически все местное управление было возложено на губные избы. В каждом земском округе были земские избы. Земские власти избирались на неопределенный срок, но могли быть переизбраны в любое время. В состав земского управления входили: земский дьяк, лучшие люди, которые именовались целовальниками, или земскими судьями. Земские власти следили за сбором налогов и правильным использованием натуральных повинностей. В середине XV в. в городах появилась должность городничего, своеобразного военного коменданта города. Он обязан был следить за состоянием городских укреплений и сбором повинностей с населения, связанных с обороной.