По этому поводу в народе говорили, что гроб св. Петра ночью ископаша и обретоша мощи его и людям не явиша, но ларец поставиша возле Ионина гроба, где ныне митр. Филипп лежит, и лобзаша его все приходящие. Однако неизвестно было, тут ли были мощи или нет. Если вправду они были тут, то нельзя было не подивиться, что такого Чудотворца положили здесь столь бесчестно и не вынесли его в другой храм, ибо делатели рабочие поверх его ходят, а что ни есть отесков каменных, то все на гроб его падает. Иону митрополита больше берегут! Иные говорили, что митрополит св. мощи Петра в своей палате поставил, а для народа явил, что они покоятся в ларце, возле Ионина гроба, чтобы толпы народа в палату не ходили. Записавший эту народную молву летописец присовокупляет, что Пахомий Сербин в своем Слове о житии Чудотворца и обретении его мощей написал, что в теле обрели Чудотворца, неверия ради людского, занеже кой только не в теле лежит, тот у них не свят, а того не помянут, яко кости наги источают исцеления.
С таким вниманием следит Московский народ за всеми порядками, какие происходили в новосозидаемом соборе.
Особый киот для св. мощей Петра митр., как упомянуто, был устроен на том самом месте, где впервые был погребен святитель, собственными руками устроивший себе гробницу. Новая гробница была помещена только значительно выше прежней, так как помост в новом здании построен был выше прежнего более чем в рост человека.
1 июля совершилось торжественное перенесение св. мощей Петра м. при служении митрополита, архиепископа, 4 епископов и всего священного собора и в присутствии вел. князя, его матери, сына, братьев, бояр и множества народа. Тогда же установили в этот день навсегда праздновать перенесение св. мощей.
Гробница в это время была открыта и всем были видимы мощи святого. Несметные толпы богомольцев теснились около гроба с желанием хотя бы только прикоснуться к святыне.
Во время перенесения мощей некоторые видели, как летал высоко над гробом святого белый голубь до тех пор, пока был открыт гроб, и затем исчез, когда были закрыты св. мощи. Литургию в новом еще только начатом постройкой здании невозможно было служить и потому митрополит служил в палате, на своем дворе в церкви Риз-Положения; епископы служили в Архангельском соборе и в других храмах Кремля.
Вел. князь закончил всенародный Московский праздник раздачей всему духовенству щедрой милостыни: и по всему городу во все церкви священникам, монастырям и нищим; а затем начальному духовенству и всем боярам на своем дворе устроил пир: «все ядоша и пиша».
Известному тогда писателю житий Пахомию Сербину поручено было написать и канон перенесению мощей Петра митр. и Слово о его житии, а также и канон Ионе митрополиту.
Невозможно было оставить св. мощи среди строящегося храма, среди повсюду лежащих каменных отесков, и потому великий князь повелел на месте будущего алтаря построить временный деревянный храм во имя Успения, приградивши к нему и гроб Петра Чуд., почему эта церковь впоследствии именовалась что у Гроба св. Петра.
В этом же деревянном храме совершилось потом и бракосочетание вел. князя с царевною Софьею.
В то самое время, как выстраивался мало-помалу новый собор, происходило и сватовство вел. князя с царевною. Посланный за царевною Антон Фрязин прибыл в Рим 23 мая, а 29 числа того же месяца последовало в соборе обретение мощей Московских святителей.
Затем 14 числа июня были обретены и мощи св. Петра митр. и в последующие дни включительно до 30 числа священство усердно готовилось к торжественному перенесению святыни на уготовленное место. За шесть дней или за неделю до этого события, именно 24 июня, с немалым торжеством отпущена была в Москву и царевна Софья.