О чем была пря, летописец не оставил сведения, но, судя по последующему, именно по случаю несчастного разрушения недостроенного еще храма, возможно гадать, что отказавшийся от дела Ермолин, быть может, был правее Головы, так как имел более опытности и более толку в строительных делах, хотя и не был зодчим, архитектором и подрядчиком, а только предстателем, т. е. попечителем дела. Это явствует из указания, что после Ермолина предстателями, новыми попечителями, были отец Головы, Владимир Григор. Ховрин и его сын Голова.

Когда здание выведено было в рост человека, приступили к разборке древнего храма и очистили место до уровня гробниц митрополичьих. 29 мая в пятницу святитель с тем же торжественным собранием духовенства, во главе которого был Сарайский епископ Прохор[58], и в присутствии вел. князя, его матери и сына, а также и 4 братьев с служебными князьями и боярами и опять при всенародном множестве совершил перенесение гробниц из старых их мест на уготованные места в новостроящемся храме, где в стенах сделаны были для того особые киоты-впадины на тех же сторонах церкви. Мощи митроп. Киприана и Фотия поместили в одном киоте в ряд, с правой же стороны собора, у южной стены. Гробницу Феогноста митр. поставили в киоте об одну стену с гробницею св. Петра митрополита.

Когда приступили к гробу Ионы митрополита и сняли с него доску, в тот час «изыде из гроба блогоухание много по всему храму; мощи же его явились всей целы и нерушимы, прилпе бо плоть кости его и не двигнушася составы его».

Гробницу его поставили на левой стороне собора в углу северо-западном. Тут же вскоре от мощей св. Ионы последовали чудные исцеления хромого отрока 6-ти лет и некоего Рязанца, имущего внутри болячку. Множество народа стало прикладываться к мощам и при этом наметало немало серебра, которое митрополит все отобрал у попов на созидание церковное.

У митроп. Фотия обрели в теле едины только ноги, а Киприана обрели всего истлевша, оставались едины кости.

В это же время в пределе св. Димитрия Солунского вынули из стены и мощи первого великого князя Москвы, Юрия Даниловича, вложили их в деревянную раку и поставили на гробе Феогноста митрополита, где была церковь Поклонения Вериг, а потом, когда в новом здании уготовано было место для гробницы, поставили ее в стене же и на той же стороне в том же пределе св. Димитрия. Перенесение было совершено митрополитом с священным собором, в присутствии вел. князя, его сына и множества народа.

С великим освящением и с установлением даже особого празднования были перенесены мощи св. Петра митрополита.

Митрополит Филипп пожелал попревозвышено положити мощи святого в новой церкви, но на прежнем же месте, возле жертвенника, и сказал о своем желании вел. князю, который ответил, что это дело не его меры, а митрополичье и всего освященного собора, и предложил собрать для этого всех епископов и всю духовную власть, что и было исполнено.

Пока собиралось духовенство, святитель 14 июня в ночь с воскресенья на понедельник пришел к гробу святого и повелел священникам разобрать над мощами надгробницу, а сам с ними со страхом и обливаясь многими слезами помышлял: угодно ли это будет святому, что поднимут его мощи. Разобрали надгробницу и увидали гроб весь распавшийся от бывшего огня, а мощи, яко свет блещашися, ничто к ним не прикоснулось и благоухание многое исходяще от них. Говорили об этом так, что гроб в Тохтамышево нашествие Татары разорили, предполагая, что в нем скрыто какое-либо сокровище; потом в общем пожаре города погорел и гроб святого, но мощей и дымная воня не коснулась. Ризы на святом сверху также погорели, а под мощами остались целы. Митрополит со страхом и с радостью переложил мощи из распавшейся раки в новую, каменную, и поставил близ того же места, а потом, когда стали устраивать особый киот на том старом месте, в ночь же перенес до времени гробницу святого к гробнице митр. Ионы.