Институты образуют центр, ядро организационного механизма Европейского Союза. Остальные его элементы, гораздо более многочисленные, обозначаются в праве Европейского Союза термином «орган».

Институты – это верховные, главные, основные органы Союза. Качественным отличием институтов от других органов Союза является наличие в компетенции институтов публично-властных полномочий. Основные решения Союза принимаются институтами. Каждый из институтов выполняет свои собственные функции и обладает для этого специфической внутренней организацией.

На деле, конечно, каждый институт одновременно выступает в качестве органа Союза. Но обратное уже не будет верным: институтов как руководящих органов 7 количество же «просто» органов в зависимости от способа подсчета можно измерить сотнями.

В этой связи с учетом теоретических, а равно практических соображений приведенную выше нормативную характеристику структуры организационного механизма Союза можно несколько изменить: институты и другие органы. Первые – центральное звено, вторые часто носят вспомогательный и/или консультативный характер.

В соответствии с Лиссабонским договором организационный механизм приобрел трехуровневый характер. Наряду с «институтами», другими «органами», осуществляющими вспомогательные (Экономический и социальный комитет, Комитет регионов, Омбудсман и т. д.) впервые выделены в отдельную категорию «учреждения Союза». Таковыми признаются инстанции, наделяемые статусом юридического лица. Они призваны осуществлять специальные задачи экспертного, финансового или технического характера в конкретных сферах деятельности Союза (например, Европол, Евроюст, Европейский инвестиционный банк, различные «европейские агентства»).

Европейскому Союзу – уникальному и чрезвычайно динамично развивающемуся государствоподобному международному образованию интеграционного типа не вполне подходила рассчитанная на государство «классическая» система разделения властей. Поэтому им была создана гибкая и подвижная система элементов разделения и взаимодействия властей, не ставящая перед собой целью раз и навсегда их разделить или жестко закрепить их в определенной взаимной связи. Такая организация оптимально способствует достижению координации при постановке задач и обеспечению субординации при их осуществлении, что отражает специфический метод права Европейского Союза – метод скоординированной субординации.

Подобно коллективному главе Союза, Европейский Совет изначально призван разрабатывать и координировать стратегию развития Союза и всех составляющих его элементов.

С одной стороны, в явно ослабленную ограниченностью полномочий Европейского парламента законодательную власть вторгается Комиссия, являющаяся основным (наряду с народной инициативой) источником законодательной инициативы и издающая акты в порядке делегированного законодательства, а с другой – «жесткость» конституирующих Союз актов несколько уравновешивается влиянием на нее вырабатываемого Судом прецедентного права и толкования им норм права Европейского Союза.

Совет, будучи органом законодательной власти, состоит из министров – членов исполнительной власти. Наделение Совета характерными для суда полномочиями по наложению штрафов и передача ряда законодательных функций Европейскому центральному банку (в сложнейший период введения единой валюты евро) также отличают организацию власти в Союзе от классической схемы.

В ходе развития Европейского Союза дальнейшие подвижки в системе элементов разделения и взаимодействия властей неизбежны.