Содержание профессиональных учебных программ высшего образования предусматривает изучение цикла общеобразовательных дисциплин, цикла базовых дисциплин, цикла профилирующих дисциплин, а также прохождение профессиональной практики по соответствующим специальностям. Каждый цикл дисциплин состоит из дисциплин обязательного компонента и компонента по выбору. Дисциплины из компонента по выбору обучающегося в каждом цикле должны содержательно дополнять дисциплины обязательного компонента.

Срок освоения профессиональных учебных программ высшего образования определяется государственным общеобязательным стандартом высшего образования и должен составлять не менее четырёх лет.

Далее законом устанавливается, что послевузовское образование приобретается гражданами, имеющими высшее образование. И что подготовка научных и педагогических кадров осуществляется в магистратуре и докторантуре высших учебных заведений и научных организаций, а также путём направления стипендиатов международной стипендии «Болашак» на обучение в зарубежные высшие учебные заведения с очной формой обучения в соответствии с перечнем специальностей, ежегодно утверждаемых в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан.

Подготовка кадров в магистратуре осуществляется на базе профессиональных учебных программ высшего образования по двум направлениям:

1) научному и педагогическому со сроком обучения два года;

2) профильному со сроком обучения не менее одного года.

Обучающемуся, успешно прошедшему итоговую государственную аттестацию и публично защитившему магистерскую диссертацию, присуждается академическая степень магистра по соответствующей специальности. В докторантуре осуществляется подготовка докторов философии (PhD) и докторов по профилю на базе профессиональных учебных программ магистратуры со сроком обучения не менее трёх лет.

Здесь мы видим одно очень важное отличие структуры высшего образования в Казахстане от структуры, предусмотренной Болонской декларацией. В соответствии с новым законом магистратура не относится к второму уровню (циклу) высшего образования, а переведена на уровень поствузовского, то есть «послевысшего» образования, что сводит магистратуру к уровню дополнительного последипломного образования, которое хотя формально и не признано, но фактически существует и должно быть восстановлено де-юре. Выведение магистратуры из структуры высшего образования явно диссонирует с Болонской декларацией.

Другим отличием является то, что Болонская декларация не регулирует третью ступень высшего образования и передаёт это право высшим учебным заведениям. В Республике Казахстан на этом уровне предусматривается подготовка докторов философии (PhD) или докторов по профилю в соответствии с «Классификатором специальностей высшего и послевузовского образования» от 2009 года, являющимся государственным стандартом, а также с государственными общеобязательными стандартами образования по специальностям докторантуры.

На сегодняшний день ряд университетов Казахстана готовят докторов философии или докторов по профилю. Подготовка докторов философии осуществляется в зарубежных университетах или с приглашением профессоров зарубежных вузов в качестве соруководителей докторантов и для ведения учебных занятий. Некоторые вузы осваивают двухдипломные магистерские и докторские образовательные программы, предусматривающие одновременную выдачу диплома казахстанского вуза и диплома зарубежного вуза-партнёра лицам, успешно освоившим эти программы.

К сожалению, открытыми остаются множество вопросов. Например, как соотносится подготовка бакалавров, магистров и докторов философии (или по профилю) с развитием фундаментальной и прикладной науки в стране? Каким образом мотивировать докторантов и их руководителей на генерацию новых знаний, а не на подготовку одной лишь квалификационной работы в виде докторской диссертации? Что считать главным результатом процесса подготовки докторов? Что необходимо предпринять, чтобы новые знания, полученные докторантами, не оставались «вещью в себе», а становились достоянием мировой научной общественности?