Эрмитаж состоял из пяти отделений – Картин, гравюр и оригинальных рисунков; Классических древностей; Нумизматического; Средних веков и Эпохи Возрождения – а также Кабинета Петра Великого и Галереи драгоценностей.

На нижнем этаже, как и сейчас, располагались коллекции по истории Древнего Египта и Ассирии; пять залов были отданы под греческую и римскую скульптуру; один – под керченскую коллекцию; два – под античные вазы.

При Николае II собрание Эрмитажа продолжало пополняться. В 1898 году были переданы Эрмитажу 968 офортов Рембрандта. Их завещал музею знаменитый коллекционер Дмитрий Ровинский, обладавшей самой большой в мире коллекцией произведений великого голландца. В 1898 году при ремонтных работах на хорах Киево-Печерской лавры был открыт ценнейший клад западноевропейских монет эпохи раннего Средневековья; он был передан Эрмитажу. Тогда же купили Хотинский клад, состоявший из значительного количества германских монет XIIXIII веков.

В 1910 году Эрмитаж приобрел великолепную коллекцию знаменитого путешественника Петра Семенова-Тян-Шанского из 719 картин, 3476 гравюр и офортов, по преимуществу голландских и фламандских. Собиратель продал ее за 250 тыс. руб., в два раза дешевле, чем предлагали ему западноевропейские музеи с условием, что Эрмитаж получит ее только после его смерти. Так что окончательно коллекция стала частью эрмитажного собрания только в 1914 году. Благодаря ей, собрание голландских и фламандских мастеров Эрмитажа стало крупнейшим в мире, даже больше амстердамского.

В 1915 году на средства Министерства Двора было приобретено полотно Леонардо да Винчи «Мадонна Бенуа» за 150 тыс. руб.

На рубеже 1920-х и 1930-х собрание лишилось проданных за бесценок на Запад шедевров живописи, в том числе Боттичелли, Боутса, Веласкеса, Веронезе, Перуджино, Тициана, Тьеполо, Ван Дейка, Ван Эйка, Рембрандта и его школы, Рубенса.

Эрмитаж. 1903

Владимир Набоков в «Далеких берегах» писал о тогдашнем Эрмитаже: «В будни по утрам там бывало дремотно и пусто, и климат был оранжерейный по сравнению с тем, что происходило в восточном окне, где красное, как апельсин-королек, солнце низко висело в замерзшем сизом небе. <…> Одной из лучших наших находок был незабвенный чулан, где сложены были лесенки, пустые рамы, щетки. В Эрмитаже, помнится, имелись кое-какие уголки, – в одной из зал среди витрин с египетскими, прескверно стилизованными, жуками, за саркофагом какого-то жреца по имени Нана».

Мстислав Добужинский вспоминал: «По Эрмитажу я ходил, как в потемках, и руководствовался лишь единственно каталогом картин с очень скупыми и сухими сведениями о художниках и “школах”, составленным Андреем Ивановичем Сомовым, и этот каталог я самым тщательным образом изучал. Мне никто ничего не подсказывал и не объяснял, я мог руководствоваться лишь одним чутьем и собственным вкусом; я воспринимал все больше эмоционально, инстинктивно, без ошибки чувствуя, к чему у меня лежит и к чему не лежит душа. Иные картины меня так пленяли, что я ходил в Эрмитаж как бы на поклонение им. Диапазон моих очарований был очень велик, все расширялся, и вкус мой уже тогда делался эклектическим… Трудно припомнить, как менялись, утверждались и умножались мои симпатии и увлечения и как накоплялись знания за все четыре года моих эрмитажных посещений. Во многом я, разумеется, не мог разобраться, до многого долго не мог дорасти, и лишь постепенно мне стало открываться живописное мастерство отдельных художников и стиль той или другой эпохи. Важно то, что я доходил “своим умом”, но поэтому все усваивалось медленно, непоследовательно, скачками, и я видел, как велики пробелы в моем образовании, особенно в истории. Все-таки мало-помалу все становилось на свое место, каждое посещение музея всегда чем-нибудь меня обогащало».