Пострибское восстание привело к усилению преследований духовенства, однако отношение коммунистов к религиозным объединениям было неодинаковым. Православным и мусульманам удалось найти взаимопонимание с властями: коммунистическое руководство обозначило духовенству допустимые пределы его пастырской деятельности, а религиозные лидеры обещали властям свою пропагандистскую поддержку. В этой ситуации главный удар преследователей пришелся на Католическую церковь, с которой власти связывали повстанческие действия на Севере. Преследование Католической церкви было обусловлено восприятием ее как силы, способной координировать действия потенциальной оппозиции. В первую очередь официальная пропаганда вменяла католикам в вину сотрудничество с Италией. По сути, первая волна репрессий была связана с отказом Католической церкви полностью подчинить свои структуры государству, а также с ее поддержкой антикоммунистических организаций на Севере. В январе 1946 года были арестованы и расстреляны иезуитские священники и монахи. Наибольший размах репрессии против католического духовенства приняли сразу после подавления Пострибского восстания. В период до 1949 года были убиты больше половины священнослужителей. Компромисс был достигнут только в июле 1951 года. Католическая церковь сохранила право поддерживать контакты с Ватиканом, хотя коммунистические власти и старались свести их к минимуму.

В ноябре 1946 года принимается закон № 372 «О преступлениях против народа и государства». Он значительно расширял понятие враждебной деятельности против новой политической системы и органов государственной власти, включив в него также недонесение о преступлении. По состоянию на январь 1947 года в албанских тюрьмах, по официальным данным, находились 4749 заключенных, из них 3659 были осуждены на основании закона № 372.

Для осужденных за политические преступления была создана сеть трудовых лагерей. Поводом стала переполненность тюрем, а также убеждение, что положение находящихся там заключенных чересчур хорошо. В 1947 году существовали четыре трудовых лагеря. В крупнейшем из них, Малитьи, свыше тысячи заключенных занимались осушением болот. Позже лагеря возникали чаще всего там, где начиналось строительство каналов, аэропортов и железных дорог. Постоянно действовали лагеря, расположенные при рудниках, в том числе пользовавшийся самой дурной славой лагерь в Спаче на пиритовых месторождениях. Условия содержания в лагерях оскорбляли человеческое достоинство, а дневной продовольственный паек на одного заключенного не превышал 300 граммов.

Была распространена и другая форма репрессий – «политическое интернирование». Так, в 1947 году интернированию подверглись 1272 человека. Этому наказанию подвергались чаще всего семьи заключенных: их отправляли в отдельные поселения – «закрытые деревни» – без права свободного передвижения, под надзор сотрудников Департамента защиты народа. Число осужденных в Албании было значительно выше, чем ранее, в период итальянской оккупации, прежде считавшейся крайне жестокой.

Принцип коллективной ответственности стал необыкновенно эффективным способом предупреждения потенциальных угроз. Вся семья могла быть наказана за поступок, совершенный одним из ее членов. Осознание опасности, угрожающей близким, удерживало недовольных от попыток противостоять существующему политическому и общественному порядку.

Из-за невозможности активного сопротивления многие люди, особенно молодежь, избирали другие формы протеста. Чаще всего это было бегство из страны перед призывом в армию. После 1948 года, когда Белград разорвал отношения со странами коммунистического лагеря, бегство в Югославию стало очень опасным предприятием: пойманных при попытке бегства обвиняли в государственной измене. Многие из тех, кому удалось бежать, участвовали в работе албанских организаций, которые особенно активно развивались в Югославии в надежде на свержение режима Ходжи.