Однако запись от 1 августа 1944 года оказалась последней в ее дневнике. Спустя три дня – утром в пятницу, 4 августа, между десятью и половиной одиннадцатого, перед домом номер 263 на набережной Принсенграхт остановился автомобиль. Из него вышел обершарфюрер СС Карл Йозеф Зильбербауэр, в эсэсовской форме, вместе с как минимум двумя подручными из голландской полиции. В 1963 году Зильбербауэра нашел знаменитый «охотник за нацистами» Симон Визенталь. Бывший сотрудник амстердамского гестапо признался ему в своей роли в аресте семьи Франк и опознал Анну по фотографии как одну из арестованных. Он подробно рассказал о событиях того дня и вспомнил, как высыпал на пол «Секретной пристройки» пакет, наполненный бумагами. По словам Зильбербауэра, Анна «выглядела как на иллюстрациях в книгах, только немного старше и красивее». «У вас прекрасная дочь», – сказал гестаповец Отто Франку.

Мип Гиз, избежавшая ареста нацистами, спасла первую тетрадь дневника Анны Франк в красной клетчатой обложке, а также несколько других тетрадей, спрятав их, чтобы вернуть Анне или ее семье после войны. Во время допроса она указала Зильбербауэру на свое австрийское происхождение:

«Офицер изучал меня взглядом и, казалось, думал: «Вот, друг против друга стоят два человека, родившиеся в одной и той же стране, одном и том же городе. Один карает евреев, другой помогает им».

По свидетельству Зильбербауэра, на людей, скрывавшихся в «Секретной пристройке», был совершен донос. Хотя Зильбербауэр и рассказал о том, что ему было известно, он не смог предоставить никакой информации, которая могла бы помочь в поисках голландского коллаборациониста, давшего гестаповцам наводку. Донос поступил непосредственно его командиру, оберштурмфюреру СС Юлиусу Деттманну, который отметил лишь, что эта информация из «надежного источника». Сам Деттманн покончил жизнь самоубийством в ожидании суда в 1945 году. На сегодняшний день существует несколько версий о том, кто мог быть этим «надежным источником». Однако до сих пор имя этого лица так с уверенностью и не установлено историками.

Во время облавы нацистов Элизабет (Беп) Воскуйл удалось скрыться, и она пряталась в течение недели. Затем вернулась в офис на Принсенграхт, где спасла часть дневниковых записей Анны, которые были разбросаны гестаповцами на полу убежища.

Отто Франк стал единственным из обитателей «Секретной пристройки», кому удалось выжить. Эдит Франк погибла в Освенциме. Он надеялся, что Анна и Марго выжили, но в июле 1945 года две бывшие узницы Берген-Бельзена подтвердили смерть сестер. Мип Гиз была рядом с Отто Франком, когда он получил письмо, сообщающее, что обе его дочери не пережили депортацию. Она передала дневник убитому горем Отто Франку. Дневник был опубликован им в 1947 году.

Отто Франка часто критиковали за чрезмерное редактирование произведений дочери. Кроме того, для публикации он объединил оригинальный дневник Анны и ее рукопись не всегда литературными способами. Лорин Нуссбаум, подруга Анны Франк, почетный профессор иностранных языков и литературы Портлендского университета, так сказала об этом:

«Если придерживаться версии, которую Анна планировала опубликовать, – не появившуюся сборную солянку, а ее собственный выбор, который она специально адресовала широкой публике, – дневник можно квалифицировать, как выдающееся литературное произведение. Он показывает поразительную наблюдательность Анны, ее чувство юмора и необыкновенный стиль».

Хотя Нуссбаум с Отто Франком связывала давняя и тесная дружба, по ее мнению, отец Анны фактически скрыл от общественности литературное дарование своей дочери. С Нуссбаум согласен и директор берлинского издательства Secession Verlag, известный издатель Йоахим фон Цепелин: