Его популярность как «доктора бедняков» всё более возрастала. В своём дневнике Януш Корчак писал: Ответственность лежит на мне! Если я врач, не сделаю этого, то кто сделает?

Вечерами он бродил по трущобам, шёл к брошенным детям, нёс сладости и лекарства, рассказывал сказки, учил читать, нёс с собой доброту и любовь к ним. В рождественский сочельник Януш Корчак приходил к детям, переодевшись святым Николаем, раздавал всем подарки. «Вы святой?» – спросил его рыжий мальчуган, сидевший один в темноте. – «Да», – ответил Януш Корчак. Это были особенные минуты в его жизни. Он почувствовал, что «новые невидимые силы» вливаются в него, духовно преображая в человека, ответственного за своих ближних.

Вернувшись в Варшаву в 1906 году после участия в Русско-японской войне в качестве дивизионного врача, Януш Корчак обнаружил, что стал знаменитым. Его роман «Дитя гостиной» имел большой успех, критики называли его «новым голосом в польской литературе».

Между тем его ждала работа в детской больнице. Она была построена на средства меценатов, хорошо оснащена, имела операционную, лабораторию, амбулаторию. Здесь бесплатно принимали детей всех вероисповеданий. В больнице Януш Корчак занимался не только лечением скарлатины, тифа, кори, туберкулёза, но составлял каталог медицинской библиотеки численностью 1400 томов.

Ночью его работа продолжалась – он спускался в подвалы, поднимался на чердаки к беднякам, лечил, бесплатно раздавал лекарства. Врач принимал гонорары от богачей, чтобы иметь возможность покупать лекарства для бедных. Он проработал в детской больнице 7 лет и не находил все это время покоя, потому что знал, что после выздоровления ребёнок, выписавшись из больницы, опять окажется там, где был. Януш Корчак старался улучшить и изменить жизнь детей.

На одном благотворительном вечере в пользу приюта, созданного Обществом помощи сиротам, Януш Корчак знакомится со Стефанией Вильчинской, которая, так же как и он, мечтала о создании приюта, который будет родным домом для бездомных детей. Она стала его верной помощницей в осуществлении задуманного. Благодаря их огромному желанию и большим усилиям, помощи благотворителей, в 1912 году открылся Дом сирот. Двумя годами раньше Януш Корчак отказался от успешной медицинской практики, литературной карьеры и стал директором Дома сирот. Приют Януша Корчака был справедливой общиной, сами дети выбирали парламент, суд равных, имелась своя газета. Труд был обязателен для всех, в процессе труда дети учились взаимопомощи, чувству ответственности. Самым главным в обучении Януш Корчак считал нравственное воспитание, этические аспекты. Всё было продумано до мелочей, чтобы детям было уютно и хорошо. В Доме сирот было центральное отопление, электричество, горячая и холодная вода, железные кроватки, разделённые деревянными перегородками с отверстиями в центре, если вдруг ребёнок проснётся ночью и испугается… Без отдыха, по 16 часов в сутки, работали Стефания Вильчинская и Януш Корчак. Слава о Доме сирот, где ребёнок являлся «хозяином, тружеником и главой семьи», вышла за пределы Варшавы.

В 1914 году началась Первая мировая война и Януш Корчак вынужден был покинуть Дом сирот, поскольку его призвали в качестве врача в армию, прикомандировав к полевому госпиталю на восточном фронте. В этот период он начал писать свою книгу «Как любить ребёнка». Её главная мысль – вы не любите ребёнка, если не видите в нем самостоятельную личность, которая имеет право стать таким, каким ему уготовлено судьбой.