Тем временем коронный гетман Ян Замойский со своими сторонниками дал сражение Максимилиану при Бычике в Силезии. Австрийцы были разбиты, а сам эрцгерцог взят в плен. В начале 1590 г. поляки освободили Максимилиана с обязательством не претендовать более на польскую корону. За него поручился брат – император «Священной Римской империи».

В отличие от прежних королей Польши Сигизмунд был фанатичным католиком. На его убеждения повлияли и мать – убежденная католичка, и реформация в Швеции.

Взойдя на престол, Сигизмунд ІІІ немедленно приступил к гонениям на диссидентов (то есть некатоликов). В 1577 г. знаменитый иезуит Петр Скарга издал книгу «О единстве церкви божией и о греческом от сего единства отступлении». Две первые части книги посвящались догматическим и историческим исследованиям о разделении Церкви, в третьей части содержались обличения русского духовенства и конкретные рекомендации польским властям по борьбе с православием. Любопытно, что в своей книге Скарга именует всех православных подданных Речи Посполитой просто «русскими».

Скарга предложил ввести унию, для которой нужно только три вещи: во-первых, чтобы митрополит Киевский принимал благословение не от патриарха, а от папы; во-вторых, чтобы каждый русский во всех артикулах веры был согласен с Римской церковью; и в-третьих, чтобы каждый русский признавал верховную власть Рима. Что же касается церковных обрядов, то они остаются прежними. Эту книгу Скарга перепечатал в 1590 г. с посвящением королю Сигизмунду ІІІ. Причем и Скарга, и другие иезуиты указывали на унию как на «переходное состояние, необходимое для упорных в своей вере русских».

В книге Скарги и других писаниях иезуитов для введения унии предлагались решительные действия светских властей против русских.

Сигизмунд ІІІ поддержал идею унии. Православные церкви в Речи Посполитой были организационно ослаблены. Ряд православных иерархов поддался на посулы короля и католической Церкви.

24 июня 1594 г. в Бресте был созван православный церковный собор, который должен был решить вопрос об унии с католической Церковью. Сторонникам унии правдами и неправдами удалось принять 2 декабря 1594 г. акт унии. Уния расколола русское население Речи Посполитой на две неравные части. Большинство русских, включая и шляхтичей, и магнатов, отказались принять унию.

29 мая 1596 г. Сигизмунд ІІІ издал манифест для своих православных подданных о совершившемся соединении церквей, причем всю ответственность в этом деле брал на себя: «Господствуя счастливо в государствах наших и размышляя о их благоустройстве, мы, между прочим, возымели желание, чтобы подданные наши греческой веры приведены были в первоначальное и древнее единство со вселенскою римскою церковию под послушание одному духовному пастырю. Епископы [униаты, ездившие к папе] не привезли из Рима ничего нового и спасению вашему противного, никаких перемен в ваших древних церковных обрядах: все догматы и обряды вашей православной церкви сохранены неприкосновенно, согласно с постановлениями святых апостольских соборов и с древним учением святых отцов греческих, которых имена вы славите и праздники празднуете».

Повсеместно начались гонения на русских, сохранивших верность православию. Православных священников изгоняли, а церкви передавали униатам.

Православные шляхтичи во главе с князем К. К. Острожским и протестанты во главе с виленским воеводой Кшиштофом Радзивиллом решили бороться с унией старым легальным способом – через сеймы. Но католическое большинство при сильной поддержке короля на сеймах 1596 г. и 1597 г. сорвало все попытки диссидентов отменить унию. В итоге к уже существующей межконфессиональной розни добавился и конфликт между униатами и православными. Да и вообще Сигизмунд был человеком из другого мира, чуждым не только своим, русским подданным, но и польским панам, он носил бородку клином, как его современник – жестокий и подозрительный испанский король Филипп, с которого Сигизмунд во многом брал пример; вместо простого кафтана и высоких сапог, какие носил Баторий и другие польские короли, Сигизмунд одевался в утонченные западные одежды, в чулки и туфли.