В целом в XVI–XVII вв. португальцам не удалось установить прочного контроля над внутренними территориями Африканского континента. Эпоха расцвета морской колониальной империи Португалии приходится на первую половину XVI века, но ее главным центром являлись так называемые Острова пряностей в Юго-Восточной Азии и города-крепости на побережье полуострова Индостан. У Португалии не было достаточно людей и ресурсов для масштабных завоевательных походов в Африке. К тому же ее владения на континенте имели в большей степени стратегическое значение для контроля над морским путем в Индию, и ее политика в африканских владениях была подчинена, прежде всего, этим целям. С 1580 по 1640 г. Португалия потеряла государственную самостоятельность и находилась в унии с Испанией, что также ослабило ее позиции в колониях. Оказавшись втянутой в войны Мадрида с Англией и Нидерландами, Португалия лишилась наиболее значимых владений в Азии и в Западной Африке, что нанесло непоправимый урон ее морскому могуществу. Восстановив свою независимость от Испании в 1640 г., Португалия не смогла восстановить утраченные позиции в Индийском океане и постепенно теряла свои владения в Африке. В конце XVII в. важнейшие центры торговли в Восточной Африке Момбаса и остров Занзибар были захвачены султанатом Омана. Это ограничило владения Португалии на африканском побережье Индийского океана современным Мозамбиком (в 1752 г. окончательно выделен из административного подчинения Гоа и преобразован в самостоятельную колонию). В Западной Африке владения Португалии к началу XVIII века ограничивались лишь островами Зеленого Мыса, Португальской Гвинеей и островами Сан-Томе и Принсипи. Последние еще в начале XVI в. были превращены в одного из крупнейших поставщиков сахара в Европу. Плантации сахарного тростника возделывались руками черных рабов, которых португальцы вывозили с континента.

Администрация, социальная структура и экономическое развитие. К началу XVIII в. в африканских колониях Португалии в целом завершилось складывание административной системы, напрямую подчинявшейся властям в Лиссабоне. В основу этой системы был положен принцип бюрократического централизма, на котором базировалась абсолютистская система в метрополии.

Все высшие административные и судебные должности в колониях занимали португальцы – уроженцы метрополии. Как правило, это были разорившиеся дворяне, которые не могли поправить свои дела в метрополии. Они приезжали в колонии на временное жительство с целью разбогатеть в возможно короткий срок. Главные доходы колониальным чиновникам давало не официальное жалование, а злоупотребления и произвол. Широкие полномочия чиновников, бюрократический централизм, продажа должностей, казнокрадство составляли отличительные черты португальского колониального аппарата.

Губернаторы колоний были наделены огромной властью. Отправляясь из Лиссабона в колонию, губернатор получал специальную «инструкцию» («режементу»), которой он должен был руководствоваться в своей деятельности. Губернатор имел юрисдикцию над гражданскими и военными лицами вплоть до присуждения к смертной казни виновных в ереси, измене, фальшивомонетничестве и т. д. При губернаторе действовал Совет, состоявший из нескольких высших чиновников, наделенный консультативными функциями. На местах административную власть осуществляли капитаны крепостей, факторы (сборщики налогов), овидоры (судьи) и вожди (соба).

К органам местного управления относились камары (муниципальные палаты), которые избирались общими собраниями белых горожан из числа наиболее состоятельных.