Если в подчинении городов суахили португальцы опирались, прежде всего, на военную силу, то иная ситуация сложилась в Экваториальной Африке, где они столкнулись с одними из крупнейших доколониальных государств Африки – Конго и Ндонго. Первоначально Португалия не стремилась к завоеванию этих африканских государств, но лишь к их христианизации. Сюда в конце XV в. устремились католические миссионеры. Португальцы встретили со стороны местного населения доброжелательный прием, правители Конго рассматривали португальцев как равных и возможных торговых партнеров и союзников. Около 1506 г. маниконго Конго стал Мвемба Нзинга, который еще в 1491 г. был крещен под именем Афонсу. Правление короля Афонсу I (1506–1543) стало временем усиления влияния Португалии в Конго. В этот период многие знатные молодые люди баконго получали образование в Португалии. Однако в 1539 г. в Лиссабоне было получено известие, что меди, олова и серебра в Конго «больше, чем в Испании». С этого момента Португалия стала стремиться поставить Конго под свой политический и военный контроль. Фактически речь шла об установлении протектората над африканским государством. Португальцы стали вмешиваться в порядок престолонаследия, усилилась зависимость Конго от португальской военной помощи. Маниконго Алвару I (1568–1587) вынужден был признать себя вассалом короля Португалии.

В 1571 г. король Португалии пожаловал Паулу Диаш ди Новаиш побережье Анголы, на котором должны были разместиться первые белые колонисты. Так было положено начало созданию португальской колонии Ангола. Центром нового владения стала Луанда. В южной части Анголы в 1587 г. был основан форт Бенгела, давший название одноименной провинции. Начался длительный период так называемых «ангольских войн», в ходе которых португальцы столкнулись с упорным сопротивлением местного населения. В 1576 г. Диаш де Новаиш начал военную кампанию против государства Ндонго, целью которой было овладение серебряными рудниками в Камбамбе. К началу XVII в. завоевателям удалось закрепиться в этом районе и основать ряд крепостей, служивших опорными базами португальцев. Однако их влияние во внутренних районах было подорвано в ходе войн с правительницей государства Ндонго Нзинга Мбанде (принявшей в крещении имя доны Анны). С середины 1620-х гг. вплоть до своей смерти в 1663 г. она вела войны с португальцами, остановив их продвижение вглубь Анголы вплоть до 1670-х гг. В этом ей, как уже говорилось, в значительной степени помог союз с голландцами, занимавшими Луанду в 1641–1648 гг.

Постепенно отношения португальцев с государством Конго также начали принимать все более напряженный характер. Традиционная родовая знать баконго была недовольна пропортугальской политикой своих правителей и засильем католических миссионеров. Принимавшая все больший размах работорговля и постоянные набеги на соседей с целью захвата невольников подтачивали силы государства. Результатом были восстания, которые правителям Конго удавалось подавлять лишь при помощи португальцев, попадая от них в еще большую зависимость. В конце концов, новый маниконго Антониу Манимулуза пошел в 1663 г. на открытый конфликт с португальцами, отказавшись выполнять договор о территориальных уступках португальцам, подписанный его предшественником. В результате начавшейся в 1665 г. войны войско Антониу Манимулузы было разгромлено, сам маниконго был обезглавлен. Это фактически положило конец существованию государства Конго, в котором до 1710 г. происходили междоусобные войны, а власть