П. Эшдауну удалось окончательно сломить сопротивление СДП весной 2003 г., после захвата силами ЕУФОР 410 разведотдела армии РС. Руководство РС обвинили в контрабанде оружия в Ирак, президент РС М. Шарович подал в отставку. Его сменил Борислав Паравац (СДП). Деморализованные лидеры СДП и ее депутаты более не рисковали противоречить агрессивному ВП Эшдауну и покорно исполняли его указания. Парламент РС и сербские депутаты в Скупщине БиГ поддержали в 2003 г. пакет законов о военной реформе, упразднивший армии автономий и создавший центральное министерство обороны и общебоснийскую армию (с 2005 г.). Важным успехом Эшдауна стало официальное признание властями РС своей ответственности за массовые убийства в Сребренице в 2004 г. В 2005 г. Эшдаун инициировал новый пакет реформ, главной из которых должна была стать реформа полиции – создание общебоснийского МВД с ликвидацией МВД автономий и передачей их полномочий в центр. Речь шла о завершении демонтажа автономий и формировании централизованного боснийского государства, в котором и РС и ФБиГ превращались в практически безвластные структуры.

Стремясь избежать ответственности за финальный демонтаж республики, лидеры СДП в начале 2006 г. предложили сформировать правительство главе СНСД Додику, имевшему прочную репутацию прозападного политика.

Второй приход Додика к власти ознаменовал начало нового этапа боснийской политики. Неожиданно для всех новый премьер стал все больше выходить из подчинения УВП. Международные чиновники стали жертвой собственной политики переформатирования элиты РС путем удаления лиц с военным прошлым: сам М. Додик и его команда активного участия в войне не принимали и потому их было невозможно шантажировать гаагскими досье. Напротив, они совершенно не стремились упразднять свои посты ради получения второстепенных позиций в преимущественно бошняцом Сараево.

Премьер РС оказался способным дипломатом, инициировав спор бошняцих партий, в результате которого глава ПзаБиГ Харис Силайджич заблокировал принятие в Скупщине «апрельского» пакета реформ, включая и реформу полиции. М. Додик избегал резких шагов, но остановил процесс передачи полномочий РС Сараево. Удачно воспользовался он и приходом немецкого дипломата Кристиана Шварц-Шиллинга (2006–2007 гг.) на смену П. Эшдауну. Шварц-Шиллинг предпочитал диктату УВП самостоятельное соглашение самих боснийских сторон, что дало возможность М. Додику в полной мере пользоваться конфликтами между бошняцими партиями.

Шестые всеобщие выборы (1 октября 2006 г.) обозначили новую политическую реальность в стране: формально «национальные» (или старейшие из них) партии были разгромлены: на выборах Президиума БиГ глава ПзаБиГ Х. Силайджич выиграл у лидера ПДД С. Тихича со счетом 63 % к 27 %, кандидат СДП БиГ Ж. Комшич набрал 41 % против 26 % у кандидата ХДС БиГ Иво Йовича, а представитель СНСД Небойша Радманович вдвое обошел нового лидера СДП Младена Босича – 53 % к 24 %. Эта же тенденция проявилась и в результатах на парламентских выборах: ПДД получила 25 %, ПзаБиГ – 23, СДП БиГ – 15, ХДС БиГ с партнерами – 8, коалиция Хорваты вместе – 2,3 %.

Кардинальная смена политического ландшафта произошла в РС: кандидат СНСД Милан Елич стал президентом, набрав 49 %, тогда как лидер СДП Д. Чавич получил 29 %; еще более рельефно эта тенденция проявилась в голосовании в Народную Скупщину: СНСД поддержали 43 % избирателей (партия получила 41 место, или 22 дополнительных мандата, СДП – 18 (потеряла 7 мест) ПДП – 7, ДНС – 4, ПзаБиГ – 4, социалисты – 3,6, ПДД – 3,4, СРП – 2,9, СДП – 2,5 %.